在实践中，职能管辖不明的情形主要发生在犯罪嫌疑人、被告人(以下统称为受刑事追诉者)犯数罪的案件中。可能发生在立案之前，也可能发生在某一司法机关立案后的侦查或者审理过程中。本文仅就实践当中容易出现的几种职能管辖冲突的解决办法作一简析。
受刑事追诉者所犯数罪分别属于人民法院和公安机关或者人民检察院管辖的数罪案件的管辖权属问题。
受刑事追诉者犯有数罪，有的罪属自诉案件的罪行，应当由人民法院管辖，另有的罪属于公诉案件的罪行，应该由公安机关或者人民检察院管辖。这是实践中常见的一类情形。
笔者认为，解决此类案件管辖冲突的问题，不能仅仅从便于提高诉讼效率和有利于打击犯罪的角度出发。而既要考虑到司法机关的诉讼效率和对犯罪的有效打击，又必须切实贯彻保障诉讼参与人诉讼权利等基本原则，注意维护当事人的各项诉讼权利。总的原则是，对两部分罪行一般应该适用公诉罪行和自诉罪行管辖权限的法律规定，分别由有管辖权的机关立案调查，并适用不同的审判程序进行审理，数罪并罚，一并宣判。
六部委关于刑事诉讼法实施的规定，包括管辖、辩护与代理等方面的内容。规定中明确了公安机关与人民检察院在贪污贿赂案件中的管辖范围及协作方式，同时规定了辩护人的资格限制、辩护律师的权利及义务、法律援助的程序等。对于违规行为，依法追究责任，并设置了申诉控告机
刑事诉讼中的案件分类和管辖问题。指出了不适合由法院受理的自诉案件存在的问题，包括调查取证困难、难以保护国家利益等。同时，讨论了公安机关、法院和检察院之间在案件管辖上的矛盾，原因是分工不明确和案件的复杂性。实际操作中，存在职能管辖错误的现象。
外国人犯罪案件的管辖问题。外国人犯罪的管辖权现由基层人民法院行使。涉及外国人犯罪的批捕、辩护、刑事责任及审理等方面都有相应的规定。对于享有外交特权和豁免权的外国人犯罪，将通过外交途径解决。审理涉外刑事案件的结果需要及时通报当地外事部门。
刑事回避制度存在的五个问题。首先，事由范围狭窄，未能涵盖所有特殊关系；其次，举证责任不明确，当事人难以证明案件承办人是否符合回避条件；第三，对于主要负责人或单位的回避，没有明确规定改变管辖或单位回避的问题；第四，责任追究不严格，对于违反回避制度的行为
