1、立案监督范围不明确
目前，《刑事诉讼法》只对公安机关的立案监督作出了具体规定，但对人民法院和人民检察院自侦部门的立案监督并未明确规定。这导致人民法院和人民检察院在刑事立案活动中只能依靠自我约束和自我监督，可能产生自身监督不力的问题。
2、立案监督缺乏可操作性
根据刑事诉讼法的规定，立案线索来源主要有两方面，一是人民检察院自行发现，二是被害人向人民检察院控告。然而，这种对立案活动有条件和限度的知情权，限制了立案监督的范围，使立案监督的立法宗旨无法充分实施。
3、违法立案问题纠正难
根据《刑事诉讼法》第87条规定，检察机关对公安机关应当立案而不立案的实施监督。然而，个别被监督机关片面认为检察机关无权对“不应当立案而立案”进行监督，导致检察机关的立案监督得不到配合。此外，《刑事诉讼法》规定，检察机关进行立案监督的直接诉讼手段只有发出《要求说明不立案理由通知书》和《通知立案书》两种。由于这些文件没有法律上的强制效力，公安机关可能不予回复或拖延立案时间，甚至勉强立案后再撤案，使立案监督形同虚设。
4、案前监督难以实现
审查逮捕和审查起诉工作是人民检察院获取侦查活动情况信息、发现违法行为的重要途径之一。目前，人民检察院主要通过审查逮捕和审查起诉工作进行刑事侦查活动的监督。然而，由于侦查活动已经结束，检察机关只能通过审阅案件材料、讯问犯罪嫌疑人、询问证人和被害人等方式进行事后监督，使监督权难以充分发挥。
5、参加侦查机关对重大案件的讨论形同虚设
在重大案件中，检察机关有权派员参加侦查机关的讨论。然而，在实际操作中，检察机关派员参加讨论的效果并不理想，形同虚设。
1、明确立案监督范围
应明确人民法院和人民检察院自侦部门的立案监督范围，并制定具体的法律规定，以确保其立案活动得到有效监督。
2、提高立案监督的可操作性
应通过完善立案线索来源的制度，扩大被害人的知情权，以提高立案监督的可操作性，确保立案监督的目标得以实现。
3、加强对违法立案问题的纠正
应明确检察机关对公安机关违法立案的监督权，并制定具体的监督措施，确保立案监督的有效性和及时性。
4、强化案前监督机制
应探索建立案前监督机制，使检察机关能够及时发现侦查活动中的违法行为，确保刑事诉讼监督的全程性和有效性。
5、加强参与侦查机关讨论的实质性
应加强对检察机关参与侦查机关讨论的规范和监督，确保其参与的实质性和有效性，以充分发挥检察机关在刑事诉讼监督中的作用。
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