工程审计包括两大类型：工程造价审计和竣工财务决算审计。
工程造价审计是对单项、单位工程的造价进行审核，其审计过程与乙方的决算编制过程基本相同，即按照工程量套定额。这由造价工程师完成。
对于建设单位来说，造价审计只审核单项、单位工程的合同造价，而一个建设项目的总支出由多个单项、单位工程组成，还有其他支出如前期开发费用、工程管理杂费等不需要造价审计。因此，还需要进行竣工财务决算审计，将造价工程师审定的和未经造价工程师审核的所有支出加在一起，审查其是否存在不合理支出、挤占建设成本和计划外建设项目等现象，以确定一个建设项目的总造价。这由注册会计师完成。
竣工财务决算审计是将造价工程师审定的和未经造价工程师审核的所有支出加在一起，审查其是否存在不合理支出、挤占建设成本和计划外建设项目等现象，以确定一个建设项目的总造价。这由注册会计师完成。
看图法是基建工程决算审计最基本、最普遍、最常用的方法。审计人员必须认真仔细地看清所有的施工图纸，熟练掌握所有的建筑识图知识，不仅要看建筑施工图，还要看结构施工图和竣工图，不仅要看水电平面图，还要看水电系统图。只有在认真看懂吃透图纸的基础上，才能发现问题、揭露问题。
观察法是指审计人员亲临建筑现场，对审计事项进行实地观察，调查了解建设项目的实际情况，发现疑点，验证事实，核实实际工程量，审定工程造价的一种方法。
询问法是指审计人员通过询问被审计单位参与基建项目管理的负责人、当事人、知情人或施工单位施工员、预算员、知情者，以证实基建工程量与工程价款的真实性、合理性的一种方法。通过询问获得的审计线索有可能引出有力的审计证据，揭露事实的真相。
调查法是指审计人员深入实际进行调查研究，以查证基建工程量与工程价款的真实性、合理性的一种方法。如对水电主材价格进行市场调查分析，对基建工程量进行调查走访等。
开挖法是指审计人员会同被审计单位有关人员与施工单位有关人员到建筑现场，对有疑点的隐蔽工程进行挖开核实工程量与工程价款的方法。开挖法比较直接，容易验证出问题的真假，但工作量大，一般实行抽样定点的方式。
分析法是指审计人员运用各种系统方法，对基建工程项目的具体内容进行分离和分类，然后综合分析，发现疑点，揭露问题的方法。通过分析查找可疑事项，为审计工作寻找线索，进而查出各种错误和弊端。通过分析来验证各种资料所反映的基建工程项目的真实情况，进而核实实际工程量与审定工程造价。
测量法是指审计人员深入建筑现场，对照施工图纸，实地测量有关工程量和器材物质数量，确定核实基建工程决算工程量与造价真实性、合理性的一种审计方法。
核对法是指在基建工程决算审计中用一种记录或资料同另一种记录或资料进行查对，用相互验证和复核的手段，验证基建工程决算工程量与造价真实性、合理性的一种审计技术方法。
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