申报明细表与年度财务报表相关联，即最近三个会计年度的研究开发费用结构明细表和最近一年的高新技术产品(服务)收入明细表的相关数据被包含在已审计的年度财务报表中。这两者适用的会计准则或制度是一致的，不存在差异。
然而，申报明细表与年度财务报表也有区别。研究开发费用结构明细表和高新技术产品(服务)收入明细表是按照《高新技术企业认定管理办法》和《高新技术企业认定管理工作指引》编制的，其列报的数据可以直接反映企业是否满足认定条件。
无论企业以前年度财务报表是否委托注册会计师进行审计，专项审计可以独立实施审计程序。如果结合以前年度财务报表审计，确定的重要性水平应低于相应财务报表审计的重要性水平，确定审计范围时应考虑利用以前年度财务报表审计工作中获取的审计证据的程度。
在专项审计中，研究开发费用和高新技术产品(服务)的识别是重要的。注册会计师不是高新技术领域的专家，因此《专项审计指引》规定：
1. 申报企业负责界定研究开发项目和高新技术产品(服务)的具体范围。
2. 申报企业技术负责人与企业法定代表人、财务负责人共同签署《管理当局声明书》。
然而，《专项审计指引》也要求在制定总体审计策略时，清楚地说明调配给具体审计领域的资源，包括利用专家解决复杂研究开发项目技术问题。
《专项审计指引》要求在针对研究开发项目和高新技术产品(服务)时，了解申报企业及其环境，例如产品技术变化、研发部门设置和分布、专门从事研发活动的机构和人员、投入资金来源、科技创新型企业发展战略以及高新技术产品(服务)收入作为业绩考核指标。
《专项审计指引》还要求识别和评估申报明细表层次和各类交易、列报认定层次的重大错报风险。申报明细表层次重大错报风险需要从整体上判断，例如申报企业无法提供相关计划、实施方案和记录，可能存在重大错报风险。申报明细表层次重大错报风险很可能源于薄弱的控制环境，特别是在凌驾于内部控制制度之上时，可能伪造或篡改申报明细表所依据的会计记录或相关文件。
此外，《专项审计指引》假定申报企业的高新技术研究开发费用支出和高新技术产品(服务)收入存在舞弊风险，并考虑申报企业管理层可能存在为了申请高新技术企业资格而导致的重大错报风险。
了解与申报明细表相关的内部控制制度是识别、评估重大错报风险以及设计和实施进一步审计程序的基础。
与高新技术产品(服务)收入相关的内部控制包含在企业产品或服务的销售控制中。当高新技术产品(服务)收入与研发激励或销售奖励相关联时，企业通常会设计或增加相应的控制环节。注册会计师需要了解申报企业是否能确保销售记录准确并对高新技术产品(服务)进行正确分类。
在财务报表审计中，通常不专门提及与高新技术研究开发费用支出相关的内部控制。《专项审计指引》强调研究开发费用控制通常属于申报企业费用和成本控制的重要组成部分，要求注册会计师在了解研究开发费用控制时，需要考虑影响研究开发费用完整性、发生、准确性和分类的控制点。此外，《专项审计指引》还列出了研究开发业务流程中可能包含的主要活动，如立项和预算管理、人员管理、材料和设备管理以及结项管理等。
基于申请高新技术企业认定的目的，申报企业通常将最近三个会计年度的研究开发费用结构明细表和最近一年的高新技术产品(服务)收入明细表同时委托给一家会计师事务所。《专项审计指引》要求分别出具研究开发费用结构明细表和高新技术产品(服务)收入明细表的专项审计报告。
由于研究开发费用结构明细表涉及三个会计年度，注册会计师在出具非标准专项审计报告时需要指明事项对应的会计年度。
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