所谓新三板分层制度，是指在新三板挂牌的数量众多的企业当中，按照一定的分层标准，将其划分为若干个层次，可降低信息搜集成本，提高投资分析效率，增强风险控制能力，引导投融资精准对接。同时，通过内部分层，可以在交易制度、发行制度、信息披露的要求等制度供给方面，进行差异化的安排，以促进新三板市场持续、健康发展。
中国证监会此次发布的《意见》指出，坚持全国股转系统独立市场地位，公司挂牌不是转板上市的过渡安排。但全国股转系统并非孤立市场，应着眼于建立多层次资本市场的有机联系，研究推出全国股转系统挂牌公司向创业板转板试点，允许符合条件的区域性股权市场运营管理机构开展推荐业务试点，探索建立与区域性股权市场的合作对接机制。
在健全和创新市场制度体系方面，《意见》涵盖了融资、交易、分层、主办券商管理等多个领域，提出探索放开挂牌同时向合格投资者发行股票新增股东人数35人的限制，加快推出储架发行制度和授权发行机制。
为提高市场流动性水平和价格发现效率，《意见》要求大力发展多元化的机构投资者队伍，引入公募证券投资基金投资挂牌证券;优化完善现有交易制度安排，大力发展做市转让方式;强化主办券商交易组织者和流动性提供者的功能。
为引导证券公司转换理念，提升执业能力，《意见》鼓励证券公司建立适应全国股转系统特点的证券业务体系，培育全链条服务模式，支持证券公司设立专业子公司统筹开展全国股转系统相关业务，不受同业竞争限制。
“《意见》首次从中国证监会的层面针对"新三板"市场制定框架性指导意见，具有重要的战略意义，标志着我国多层次资本市场制度改革再下一城。”一家证券研究机构资深人士表示，比如放开挂牌同时向合格投资者发行股票新增股东人数35人的限制，加快推出储架发行制度和授权发行机制，可更好地提高市场流动性水平和价格发现效率，发挥市场效应;丰富投资者结构，可为“新三板”投资者提供便利性;拓展券商全业务链，鼓励相关业务发展，则可丰富券商收入来源，拓宽业绩增长点……
分层管理敲定
针对各方高度关注的“新三板”市场分层，此前市场上一度传言将分为三层管理，而《意见》则将现阶段分为两层。对此，隋-强表示，挂牌企业分层的总体思路为“多层次，分步走”。未来全国股转系统将由多个层级的市场组成，每一层级市场分别对应不同类型的企业。起步阶段将挂牌企业划分为创新层和基础层，随着市场的不断发展和成熟，再对相关层级进行优化和调整。
新三板的做市转让制度。该制度以做市商为中介，通过提供双向报价实现证券交易。公司采用此制度需满足特定条件，如至少两家做市商同意提供报价服务且持有一定库存股票。做市转让采用集中路由、集中成交模式，并遵循价格和时间优先原则。做市商在特定情况下可豁免双向报价
甲、乙双方关于股权投资的相关协议。协议包括注资方式、期限、股权排他性、费用承担、违约责任、退出机制以及其他责任等内容。乙方将向甲方所属的境外母公司进行现金注资，如发生不可抗力因素影响协议执行，双方可协商补救措施。
股权投资协议的细节内容。协议中，甲方同意乙方以现金方式向甲方所属的境外母公司注资，注资期限、方式和金额均有明确规定。甲方保证拟增发或转让的股权无瑕疵，相关费用由甲方承担。双方需承担各自的责任，包括提供资料、保密和违约等。不可抗力和争议解决也有详细说明
新三板，即全国中小企业股份转让系统的定义、服务对象及定位和职能。这是一个经国务院批准设立的全国性证券交易场所，主要服务于创新型、创业型、成长型的中小微企业。平台提供股票交易、发行融资和并购重组等服务，并具备代办系统主办券商业务资格的证券公司为其提供服
