一般而言，工商行政管理机关在行政处罚程序中需全面承担举证责任，以证明其作出的行政处罚合法和合理。具体包括以下几个方面的内容。
工商行政机关应当举证证明自己享有作出行政处罚案件的管辖权，包括职能管辖权、地域管辖权和级别管辖权。在实施行政处罚过程中，工商行政机关应依法行使职权，不能超越职权或滥用职权。
根据《行政处罚法》规定，工商行政机关应当举证证明以下事实：一是当事人实施了违反行政管理秩序的行为；二是当事人主观上存在故意或过失；三是当事人具有行政责任能力；四是当事人的违法行为未超过追责时效。这涉及到“五何”，即何人、何时、何地、何事、何情节。查清案件的“五何”是最基本的要求，也是实施行政处罚必须查明的案件要素。
工商行政机关应当举证证明行政处罚所依据的规范性文件的正确合法性，主要包括：行政处罚所依据的规范性文件是合法有效的；该规范性文件规定或调整了行政处罚所针对的事项；行政处罚所依据的具体法律规范与当事人违法行为的性质相吻合。
在实施处罚过程中，工商行政机关应当提供证据证明其行政程序合法，包括：表明身份；进行询问、检查、调查时符合法定方式和法定人数；行政机关调查收集证据按法定方式进行，不存在对当事人或证人采取非法手段收集证据的情况。
工商行政机关在行使自由裁量权时必须遵守公平、公正原则，行政处罚不仅要合法，还要合理。对于从轻、从重、减轻或免于处罚的案件，必须有充分的事实根据和相应的证据。因此，在听证、复议、诉讼过程中，应当对行政处罚的合理性承担举证责任。
一般情况下，当事人无需为工商行政机关的行为是否违法或不当提供证据。但在以下实体和程序方面，当事人应当负举证责任：
当事人负举证责任的案件通常是那些当事人举证更容易的案件。然而，在实践中，应严格掌握这类举证的范围，不宜随意扩大。例如，在商标侵权案件中，当事人如果声称自己得到了商标所有人的授权，那么，当事人必须对授权行为进行举证。
如果工商行政机关已经提供证据证明自己的行为合法，但当事人仍然主张行政机关的行为违法，那么，当事人应当负举证责任。例如，工商行政机关向当事人阐明了依据某规范性文件对案件具有管辖权。如果当事人仍然坚持工商执法机关没有管辖权，那么，当事人必须负举证责任。
如果执法过程中存在违法与不当行为，当事人提出反驳时应负举证责任。例如，当事人主张案件调查人员存在法定的回避情形而没有回避，或者当事人在听证程序中申请听证主持人员回避时，应提供证据证明回避情形存在。
案件中的第三人（申诉人、举报人、有利害关系的人员）在维护自己合法权益时，参与案件并需承担相应的举证责任。例如，如果第三人认为当事人假冒自己的产品，就应提供假产品的鉴定，指出其为假的证据。
依申请追加的第三人应对其与诉讼标的有利害关系承担举证责任。
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