现货电子交易和期货交易的目的不同。期货交易的主要目的在于规避现货价格波动风险和获取超额风险收益的投机。而现货电子交易虽然也具备规避价格波动风险和投机获取利润的功能，但其主要目的是以现货为基础进行商品交收。
现货电子交易和期货交易的组织形式也不同。期货交易是通过会员制的期货交易所进行组织的，期货经纪人公司作为交易所的会员开展业务，一般交易商不直接与交易所进行结算。而现货电子交易一般以公司制形式建立交易市场，其办事处主要从事培训和咨询业务，不参与交易商与市场之间的结算，交易商直接与现货电子交易中心进行结算。
现货电子交易包括现货远期电子交易、现货网上挂牌交易、现货网上拍卖交易和现货网上招标交易等多种形式。其中，只有现货远期电子交易在形式上与期货交易相类似，但仍存在许多差异。而期货交易只有一种交易方式。
现货电子交易和期货交易的交收方式也不同。现货电子交易的交易和最后的实物交收都是在买卖双方之间进行的，交易市场不参与实际交易，仅提供一个安全可靠的网上交易平台，以保证买卖双方的交易顺利完成。特别是在交收时，买卖双方需要见面才能完成最后的交易，货物直接从卖方转移到买方手中。同时，现货电子交易可以根据交易商的要求提前交收。而期货交易在交收时买卖双方不需要见面，货物的转移实际上是通过期货交易所指定的交收仓库进行的。
现货电子交易和期货交易虽然都采用保证金交易方式，但保证金的比例不同。根据国家相关规定，现货电子交易的保证金比例较高。这是因为现货电子交易以现货为基础，以实物交收为目的，从而规避了价格受机构大户操纵而大幅波动的风险。而期货交易由于主力合约距离交收时间较长，并且很少以现货交收为目的，价格容易受到资金大户操纵，存在较大的市场风险。
现货电子交易和期货交易面临的风险也不同。现货电子交易由于保证金比例较高，且以现货为基础，以实物交收为目的，能够规避价格受机构大户操纵而大幅波动的风险。而期货交易由于主力合约距离交收时间较长，并且很少以现货交收为目的，价格容易被资金大户所操纵，存在较大的市场风险。
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