提存机关是国家设立的接受提存物而进行保管，并应债务人请求将提存物发还债权人的机关。确定提存机关是建立提存制度必须解决的问题。
在国外，提存机关的确定一般采取由法律直接规定或由法院在法定范围内指定的方式。据此，提存机关一般为法院，法院设有专门的提存所，另外，法院指定的银行、信托商行、仓库营业人也可以办理提存业务。前苏联和东欧一些国家的提存机关为公证机关。
在中国，有人提出，可以由公证机关来处理提存事务。这是因为公证机关在初创时期曾办理过提存业务，并积累了一定的经验。同时，提存是一项非诉讼事务，公证机关是专门办理非诉讼事务的机关，由公证机关办理提存业务，与其职能相符合，也便于国家对非诉讼事务的统一管理。
然而，司法部的《提存公证规则》第4条规定，提存由债务履行地的公证机关管辖。而《合同法》对提存机关未作明确规定，这必然会影响提存制度的实施。
我国学术界对提存机关的确定存在四种主要观点：
第一种观点认为，提存机关应为有关主管机关。
第二种观点认为，提存机关应为人民法院。
第三种观点认为，提存机关应为公证机关。
第四种观点认为，提存机关可以为银行等部门。
在中国，公证机关是有权办理提存的机关，但人民法院也应作为提存机关。尽管提存未必与诉讼必然关联，但提存是一项法律专业性很强的工作，人民法院一直处理大量的债权债务纠纷，更有能力胜任该工作。
此外，涉及提存的债的关系往往引起诉讼，债权人出于种种原因会对提存提出异议，债权人也拥有程序法上的诉权，可以向法院提起诉讼。如果提存和双方的争讼均由人民法院进行处理，就便于查明事实，节约时间、精力和费用，有利于纠纷的妥善解决。从司法实践的情况看，有的人民法院已开始办理提存事务，并取得了良好的效果。
综上所述，提存机关的确定是建立提存制度的重要问题。在我国学术界存在不同观点，但人民法院作为提存机关具备合理性和可行性。
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