实质审查是发明专利申请审批程序的第二个阶段，旨在从技术角度确定发明的专利性。该审查程序主要涉及对发明是否符合专利法规定的新颖性、创造性和实用性要求的审查。
一般情况下，申请人在向专利局提出实质审查请求并缴纳审查费后，即可启动实质审查程序。然而，对于对国计民生具有重大作用的发明，专利局认为必要时，可以自行对其进行实质审查。
申请人应在申请日起三年内提出实质审查请求。该请求可以与发明专利申请同时提出，也可以在发明专利申请公布后或稍晚时间提出，以便申请人有足够的时间对其发明进行适当估价。若申请人在上述三年期限内没有正当理由未提出实质审查请求，则该申请将被视为撤回。
在发明专利申请的实质审查过程中，专利局的重要工作之一是进行文献检索。根据专利合作条约（PCT）的规定，审查员必须检索自1920年以来七个指定国家和两个国际组织公布的专利文献以及过去五年的非专利文献，以确定与申请专利的发明直接相关的文献。这些文献是判断该发明是否具有专利性的依据。
审查员将以书面形式向申请人通知实质审查意见，并要求申请人对申请中不符合专利法规定的内容陈述意见或进行修改。这种书面往来可以根据具体情况进行一次或多次。在特殊情况下，审查员和申请人还可以通过会见来面对面解释一些难以清楚表达的问题。
专利局将实质审查结果以决定书的形式通知申请人，并进行公告。决定书分为两种：
1. 驳回决定书：当发明专利申请经申请人陈述意见或进行修改后，专利局仍认为不符合专利法规定时，将予以驳回，并详细列举驳回的理由。
2. 审定决定书：如果在实质审查中未发现驳回理由，专利局应作出授予发明专利权的决定，颁发发明专利证书，并进行登记和公告。
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