实质审查是发明专利申请审批程序的第二个阶段，其主要目的是从技术角度确定发明的专利性，即审查其是否符合专利法所规定的新颖性、创造性和实用性的要求。
申请实质审查的请求应当在申请日起三年内提出，可以选择在提交发明专利申请时提出，也可以在发明专利申请公布后或者更晚的时间提出。如果申请人在上述三年期限内没有正当理由不请求实质审查，该申请将被视为撤回。
在发明专利申请进行实质审查的过程中，专利局的一项重要工作是进行文献检索。根据专利合作条约组织的规定，审查员必须检索指定的七个国家和两个国际组织自1920年以来公布的专利文献以及过去五年的非专利文献，以寻找与申请专利的发明直接相关的文献。这些文献将作为判断该发明是否具有专利性的依据。
审查员将实质审查中的意见以书面形式通知申请人，并要求申请人对申请中不符合专利法规定的内容陈述意见或进行修改。这种信件往来可以进行一次或多次，具体取决于情况。在特殊情况下，审查员和申请人也可以通过会见面对面地解释一些难以清楚表达的问题。
专利局将实质审查结果以决定书的形式通知申请人，并进行公告。决定书分为两种情况：
(1) 驳回决定书：如果发明专利申请经过申请人的陈述意见或修改后，专利局仍然认为不符合专利法规定，将予以驳回，并详细列举驳回的理由。
(2) 审定决定书：如果在实质审查中没有发现驳回的理由，专利局应当作出授予发明专利权的决定，发给发明专利证书，并进行登记和公告。
商标注册超过五年后是否可撤销的问题。根据《商标法》的规定，商标局和商标评审委员会在处理宣告注册商标无效的申请时，有一套详细的流程和规定。包括以书面形式通知当事人、限期提出答辩、商标评审委员会九个月内作出裁定等。在审查过程中，如果涉及到在先权利的确定，
未注册商标是否构成侵权的问题。根据《商标法》和相关规定，未经商标注册人许可使用与其注册商标相同或近似的商标、销售侵犯注册商标专用权的商品等行为均构成侵权。但在先权利使用、指示性使用及叙述性使用等情况下，不构成商标侵权。
审查员在驳回决定通知书中都会写明驳回理由的。认真阅读驳回决定通知书，有助于了解理解审查员的意见，根据意见做出相应的处理。如果觉得审查员的意见没有道理，可以在收到驳回决定通知书3个月内向专利复审委员会提交复审请求，并同时缴纳复审的官费。在复审请求中要写
发明专利3500元，新型3000元，发明实审7500元，请求项超过10项者，每项加收800元。台湾专利分发明专利、新型专利、新式样专利三种类型，三种类型申请案皆需实质审查，申请案文件齐全符合基本要求后自动进入实质审查，不需申请人提出实审请求。台湾发明专利期限为20年，
