农村房屋确权之诉不适用诉讼时效规定的，理由如下：
1、适用诉讼时效违背所有权的民法意义
财产的所有权是绝对权，所有权人之外的任何人均负有不妨碍所有权人行权利的义务。财产所有权具有永恒性，不因为诉讼时效的超过而消灭，除标的物灭失而所有权灭失之外，可以将所有权推定为永久有效。
2、适用诉讼时效将使得所有权登记制度失去意义
产权登记制度是不动产所有权公示的方式，具有很强的公信力。尤其是不动产登记制度是确认不动产所有权的唯一方式。如果此处适用诉讼时效，将使得不动产登记制度失去意义。
3、不符合我国诉讼时效设计的初衷
设置诉讼时效的目的是为了稳定财产关系，所有权明确与否是判定财产关系是否稳定的重要依据。本案的所有权很明确就是属于A马某所有，如果此时适用诉讼时效制度，是不符合诉讼时效的设计初衷的。
4、从法院裁判的特点来看也不适用诉讼时效
法院裁判的特定为：支持原告意味着否定被告，否定原告意味着支持被告。从一定意义上来讲，法院的判决也是对是与否的选择。本案中，如果法院支持了被告的抗辩事由，意味着法院支持了被告主张的使用该房屋已满20年，即承认了取得时效制度。但我们知道，我国是不存在取得实效制度的。
5、我国《民法通则》没有明确规定房屋所有权是否适用诉讼时效制度，但通过对《民法通则》中诉讼时效制度相关条款的分析也可以看出诉讼时效仅适用于债权以及债权的请求上的救济权。法学界通说认为，与相关事实关系与相关法律关系相始终的权利和处于被侵占状态的权利都不适用诉讼时效，这也是司法实务中通常的做法。
《中华人民共和国民法总则》
第一百八十八条 向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护;有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
第一百九十六条 下列请求权不适用诉讼时效的规定：
(一)请求停止侵害、排除妨碍、消除危险;
(二)不动产物权和登记的动产物权的权利人请求返还财产;
(三)请求支付抚养费、赡养费或者扶养费;
(四)依法不适用诉讼时效的其他请求权。
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