在处理企业兼并合同纠纷时，首先需要明确企业合并与企业兼并的区别。企业兼并是企业合并的上位概念，而企业合并是企业兼并中最牢固的形式。两者的主要区别如下：
(1) 企业控股是企业收购形式，属于企业股东行为；企业合并是企业行为，但需经股东大会决议同意。
(2) 企业控股不会导致被控股企业主体资格的消灭，而企业合并会导致被吸收企业或合并各方（新设合并）主体资格的消灭。
(3) 企业控股的法律后果仅为被控股企业股权发生变动，该企业的资产和负债不会发生转移。而企业合并的法律后果是参与合并的企业可以不经过清算而消灭，消灭的企业的资产和负债会概括性地转移至存续企业或新设企业。
处理企业兼并合同纠纷的法律依据主要是最高人民法院《关于审理与企业改制相关的民事纠纷案件若干问题的规定》第30至35条。此外，《全民所有制工业企业转换经营机制条例》第16条明确规定了企业享有联营、兼并权。国家体改委、国家计委、财政部、国家国有资产管理局《关于企业兼并的暂行办法》第4条也对企业兼并的形式进行了规定，主要包括：
(1) 承担债务式：在资产与债务等价的情况下，兼并方以承担被兼并方债务为条件接收其资产。
(2) 购买式：兼并方出资购买被兼并方企业的资产。
(3) 吸收股份式：被兼并企业的所有者将被兼并企业的净资产作为股金投入兼并方，成为兼并方企业的一个股东。
(4) 控股式：一个企业通过购买其他企业的股权，达到控股，实现兼并。
企业兼并的三种形式及其债务处理方式。企业兼并包括吸收合并、新设合并和收购，每种形式下的债务承担有所不同。债务剥离是防范债务风险的主要手段，但需要注意确保债务剥离协议的有效性，需征得债权人同意，某些特定债务不可剥离，如政府相关部门的债务。
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