普通合伙协议和公司章程没有直接关系，但它们有相似点和不同点。
都是管理企业的文件，合伙协议是依法由全体合伙人协商一致、以书面形式订立的合伙企业的契约。公司章程，是指公司依法制定的、规定公司名称、住所、经营范围、经营管理制度等重大事项的基本文件，也是公司必备的规定公司组织及活动基本规则的书面文件。
公司章程适用于依法注册成立的有限公司或者股份公司，受到《公司法》的规范约束;合伙协议适用于合伙企业，受到《合伙企业法》的规范约束。
(一)在法律上，合伙协议是指合伙人之间就要发起设立的一个组织，包括股权架构和相关的权利架构、出资等，是很初始的权利义务的约定，主要是合伙用的协议;通俗理解意义上，合伙协议就是合伙人之间的一种游戏规则、权利义务的规范和约束。
从法律上，公司章程是公司的宪法，公司、股东、高管等的所有行为规范都必须遵守这个最高的规则。公司法的公司章程是有法律强制性规定的，不一定要签署股东协议，但是必须要有公司章程。公司章程的约束力比较广，对公司本身，对股东、监事、董事都具有约束力。工商局有要求必须用他们的范本，而且是不能更改的，因为他们审查起来比较麻烦。建议在设立公司章程的时候可以按照他们的范本，交上去以后再做一个章程修订案。
(二)合伙协议并不是一个必备的法律文件，要约定也可以，不要约定也不影响。不过我们建议公司还是要签股东协议，因为股东协议的内容和公司章程还是不一样的。
(三)关于约束力，合伙协议属于协议，就是协商，可以讨价还价，合同具有相对性原则。合伙协议的约束力相对比较窄，有参与才有约束，所以这是合伙之间的一种任意性的合同，但不能约束协议外当事人。公司章程的约束力比较广，是法律必备的文件，公司章程可以约束公司的行为。合伙协议仅仅是合伙人之间的一种约束，但如果协议写得好，对合伙人之间而言，其重要性比公司章程还要重要。
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