在一些司法实践中，有人认为无效的转包合同不应该影响双方签订的建设工程合同的效力，因此双方仍应按照合同的约定进行工程款结算。然而，这种处理方式实际上等同于默认承包人随意转包工程、破坏建筑市场秩序的行为，似乎不妥。
考虑到承包人非法转包工程违反了法律的强制性规定，并且其在合同签订后并没有实际履约行为，其行为既是违法行为又是违约行为。因此，承包人要求发包人按照合同约定计算工程价款缺乏事实和法律依据。承包人有权要求发包人支付其所支出的成本，但合同约定的工程价款中包含的管理费和利润等属于非法利益，可以根据《建设工程施工合同司法解释》第4条的规定予以收回。在实践中，裁判机构也会根据具体案件情况做出不同的处理，根据实际施工人的资质等级来实际结算工程款，但裁判宗旨仍应符合“任何人不得从其违法行为中获利”的原则。
根据《建设工程施工合同司法解释》第26条的规定，实际施工人以转包人（承包人）为被告起诉时，人民法院应当依法受理。转承包人作为工程的实际施工人，与承包人均是转包合同的签订主体，根据合同相对性原则，转承包人可以直接向承包人追讨工程款。由于转包合同无效，根据合同无效的处理原则，双方应各自返还财产。
然而，由于建设工程的特殊性，严格适用返还财产的规定将导致工程失去效用价值，进一步扩大双方的经济损失。因此，参照《建设工程施工合同司法解释》第2条的规定，如果建设工程经过竣工验收合格，转承包人可以根据无效的转包合同的约定主张工程价款。这种处理既符合双方当事人的真实意思表示，也有利于保护当事人的基本利益。
由于转承包人与发包人之间没有合同关系，当承包人拖欠其工程款时，转承包人无法向发包人主张权利。一旦承包人的信用状况恶化、破产或法人主体资格消失，转承包人可能无法追回工程款。从保护实际施工人的利益和实现公平正义的角度出发，《建设工程施工合同司法解释》第26条规定：实际施工人以发包人为被告主张权利时，人民法院可以追加转包人为本案当事人，发包人只在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任。这样，实际施工人的权利就有了更多的救济途径。
然而，上述规定并不意味着发包人有直接向实际施工人支付工程款的义务。一方面，发包人与实际施工人之间并不存在直接的合同关系；另一方面，发包人在发包过程中没有过错，要求发包人为承包人的违法行为买单是不公平的，也违背了其真实意思表示。
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