根据委托，我作为上诉人朱某家属的辩护人，就动植物检疫徇私舞弊上诉一案提出以下辩护意见。
一审法院认定的事实不符合法律规定。根据《中华人民共和国动物防疫法》第五十九条，动物卫生监督机构可以对未经检疫的动物实施补检。在2011年11月份之前，门前补检是法律允许的，因此不构成违法行为。而在2011年11月份以后，虽然上级传达了不允许门前检疫的规定，但主管局默许了门前检疫的做法。因此，门前检疫不构成严重违法行为，不应承担刑事责任。
另外，法院没有查明2011年11月份以前门前检疫了多少头猪，因此不能以违法论处。而2011年11月份以后门前检疫了多少头猪，也需要进一步查明。每个班又检疫了多少头猪，每个人又检疫了多少头猪，也需要查清。根据罪责自负的原则，不能让每个人都承担全所工作人员的违法责任。因此，对于2011年11月份以后的门前检疫行为，责任需要进一步查明。
一审法院适用《刑法》第四百一十三条第一款，判决上诉人朱某犯动植物检疫徇私舞弊罪，是适用法律错误。动植物检疫徇私舞弊罪的构成要件有明确具体的规定。
本案中，并没有涉及动植物的进出境事宜，因此上诉人的行为不构成动植物检疫徇私舞弊罪的客观要件。而从主观方面来看，上诉人的行为是为了单位的利益，不存在个人徇私舞弊的动机。因此，应适用滥用职权罪对上诉人论罪处罚。
滥用职权罪是指国家机关工作人员滥用职权，致使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的行为。根据相关规定，上诉人的行为属于滥用职权罪的构成要件。
同时，需要强调的是，上诉人是在经费不足的情况下被迫行使滥用职权行为。动检所本应纳入本级财政预算，但由于财政资金不足，导致动检所成为自收自支单位。因此，上诉人的行为应被视为从犯，罪行较轻，应判处较轻的刑罚，并可考虑缓刑或免于刑事处罚。
上诉人在案发后自动到公安机关投案自首，并如实供述了案件事实。因此，上诉人具备自首情节，应予以考虑。
综上所述，上诉人的行为不构成动植物检疫徇私舞弊罪，应适用滥用职权罪，并考虑上诉人的从犯地位和自首情节，判处较轻的刑罚。
煽动暴力抗拒法律实施罪的辩护流程。辩护人在法庭上通过首部、正文、前言和辩护理由等部分进行辩护。辩护依据主要是《中华人民共和国刑法》的相关条款，目的是证明被告人无罪、罪轻或应减轻刑事责任。最终，辩护词以结束语形式进行归纳和小结，提出处理建议。
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