一、启动程序不同
首先，应当说鉴定是一种“被动”的行为。
它是鉴定组织应纠纷双方或纠纷处理部门的要求，对纠纷中的一些专门性问题进行科学的分析、理性的判断，最后得出结论性意见的行为。
因此，任何鉴定都存在鉴定启动的问题，即谁有权委托鉴定组织进行鉴定。
根据《医疗事故处理条例》的规定，医学鉴定由卫生行政部门委托或医患双方当事人共同委托两种启动方式。
二、鉴定人员的组成不同
根据《医疗事故处理条例》的规定，省、市两级医学会分别组建辖区范围内的医学专家库，由双方当事人从专家库中抽签选择医学专家参加医学鉴定，鉴定人员是都具有高级技术职称的医学专家。
三、鉴定的组织者不同
鉴定是一种依照法律规定，有组织、有秩序进行的社会行为。
强调鉴定的法律程序性，不得违反公平、公正和科学的原则，任何影响公正的因素都可能影响鉴定的效力。因此，鉴定的组织者也是鉴定中的一个重要因素。
四、鉴定的内容和鉴定所要解决的问题不同
这是两种鉴定最根本的不同点，也是司法鉴定在诉讼中更多地为法官采信的原因。
在涉及民事赔偿的医疗纠纷诉讼案件中，如果当事人没有特别强调违约问题，目前一般是将医疗损害事件作为侵权纠纷来处理。因此，法官需要解决的问题是医疗损害事件是否符合侵权责任构成的四个要件：
1、损害行为，通俗讲，就是医院在治疗、抢救的过程中存在的医疗过错行为。这里需要提醒广大患者及其家属，这里所讲的过错行为是现实存在、并且可以用相关证据证明的“过错行为”。对于这个问题，患者及其家属作为受害人，千万不要“想当然”!
2、损害结果，就是给患者及其家属造成的功能障碍、器官缺损、身体残疾、患者死亡的结果;如果患者及其家属手头上有“诊断证明”、相关检查“报告”。可以客观的证明受到的损害后果的，就可以作为损害后果的证据。
3、损害行为与损害结果之间是否具有因果关系;这是医疗纠纷中的核心和难点，由于患者到医院进行治疗时本身就是存在其他疾病的，怎样区别损害后果是由于原发疾病造成的，还是医院的医疗损害造成的，需要通过鉴定来区别，再划分责任大小。
4、医疗行为本身是否具有过错。该条应当说是属于“结论性”的了。在判定上需要医疗专业技术的支持。
五、鉴定的监督机制不同
鉴定的监督包括对鉴定人的一般监督和具体鉴定行为的监督，还包括具体鉴定作出的事后监督。鉴定的监督直接关系到鉴定的客观、公正和科学性。
因此，鉴定的监督机制也是影响鉴定的重要因素。是体现其“公信力”的标准。
医学鉴定的监督，主要有三个方面：
1、医学会对鉴定专家资格审查的事前一般性监督;多是“资格与资质”审查，录入专家库等等。
2、卫生行政机关对鉴定专家组出具的鉴定文书进行审查;留样备份、编号、存档等等。
3、上级医学会鉴定专家组进行再次鉴定;通常就是当事人对初次鉴定结果不服，再次申请省级医疗事故鉴定，由上一级的医疗事故鉴定机构重新做出医疗事故鉴定结论。按照医疗事故鉴定规则，有两级医疗事故鉴定结论的，以最后一次的鉴定结论为准。这就是上级医学会鉴定专家组对下级医学会鉴定专家组的监督机制。
两大鉴定体系在我们的生活中起到了很大作用，司法鉴定对于刑侦案件的破获提高时效，大大提升了破案效率，维护了我国法律的庄严，为社会安定和谐奠定了良好基础。医疗事故鉴定对于交通事故后的责任认定也十分精准，两大鉴定机构全面附有科学性，公证性，
医疗事故鉴定程序的执行方式。包括共同委托鉴定、卫生行政部门组织鉴定和法院要求鉴定三种方式。共同委托鉴定由医患双方共同委托当地医学会进行；卫生行政部门组织鉴定则根据医疗过失行为和当事人要求处理争议来组织；法院要求鉴定则是主审法官在必要时启动鉴定程序。
医疗事故鉴定的办理时限及相关流程。医学会在收到申请后的5个工作日内通知双方当事人提交材料，双方应在10个工作日内提交相关材料。医学会在接到材料后的45个工作日内组织鉴定并出具鉴定书。鉴定流程包括核实身份、宣读纠纷原由、抽签、介绍专家组成员、当事人陈述
原告刘某因医疗事故导致的三尖瓣前瓣腱索断裂等健康问题。刘某在西京医院就诊时因医师操作不当导致术中损伤，并因医院隐瞒病情引发一系列健康问题。经司法鉴定和西安市医学会鉴定，西京医院存在医疗过失并承担主要责任。虽然西京医院对鉴定结果提出异议并申请第三次鉴定
医疗纠纷赔偿金额的协商确定过程。依据我国相关法律的规定，协商时需考虑医疗事故的等级和损害程度。双方协商达成一致后签订协议书确认赔偿金额。如不愿协商或协商不成，可通过卫生行政部门调解或向法院提起民事诉讼。另外，本文还介绍了申请医疗事故鉴定费用的支付责任
