首先，通过分析会计报表来确认是否存在正常损失。检查资产负债表中的“待处理财产损益”项目，并调阅相关凭证以进一步核实是流动资产损失还是固定资产损失。只有流动资产的损失才可能涉及增值税的调整问题。同时，查看损益表中列支的“营业外支出”金额，如果发现金额较大，需要进一步调阅凭证以确定是否存在非正常损失项目。
其次，通过分析财务指标来确认是否存在非正常损失。有些纳税人在发生非正常损失后，会直接增加当期生产或销售成本，导致月份成本偏高、毛利率偏低。稽查时可以通过比较分析法，查看纳税人在稽查期所销售货物的平均单位成本是否比一般水平偏高。如果确定偏高且没有合理解释，说明纳税人可能隐瞒了非正常损失。在这种情况下，需要重点稽查“原材料”、“产成品”、“生产成本”账户的贷方发生额，以确定企业是否自行消化了非正常损失项目。
再次，通过分析存货的呆滞金额来确认是否存在非正常损失。稽查存货明细账，对一些品种的外购货物原材料及企业产成品，以及多年来连续结转数量而金额没有变的呆滞金额，需要查明实物是否存在。对数量少但金额较大的品种，可以进行抽样实物盘点，以确定是否名存实亡。同时，需要核实短少的存货，对已销售的部分进行实现销项税额处理，对损失部分进行进项税额转出。
最后，进行债权赔偿分析。有些非正常损失应由外单位或个人承担责任，在双方协商一致的情况下，对方会做出一定赔偿。签订赔偿协议的内容可以反映非正常损失的真实情况。如果双方协商不一致，可能会产生经济诉讼，诉讼材料也会反映非正常损失的真实情况。此外，通过保险公司在赔偿时详细调查的企业存货损失情况资料及赔偿金额，也可以充分证实非正常损失的存在。
对于已确认的损失并进行了财务核算处理的企业，可以通过检查“待处理财产损益”账户的借方发生额，以及调阅记账凭证来稽查其账务处理情况。如果“待处理财产损益”账户的借方发生额对应关系为贷记“原材料”、“包装物及低值易耗品”、“产成品”、“生产成本”，同时贷记“应交税费——应交增值税(进项税额转出)”，说明被查企业已经进行了进项税额转出。如果上述对应关系中贷方没有发生“应交税费——应交增值税(进项税额转出)”，则说明存在未转出的进项税额，需要进行调整。同样的方法也适用于企业发生损失后直接在“营业外支出”账户中列支的情况，需要检查“营业外支出”账户的借方发生额的对应关系是否为“应交税费——应交增值税(进项税额转出)”，如果不是，则需要进行调整。
对于没有及时按照会计制度进行正确核算处理的非正常损失，需要根据损失项目的具体情况进行分别处理，并在进行进项税额转出的同时，分别贷记“原材料”、“生产成本”、“产成品”等账户。
在稽查过程中，需要检查计税依据是否正确。同时，要注意毁损货物的具体时间，查看是否存在延期转账的现象。还需要稽查计算方法是否正确，是否人为地减少了物耗项目，从而减少了进项税额。
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