根据《中华人民共和国著作权法》第四十九条的规定，对于侵犯著作权或与著作权有关的权利的行为，侵权人应当按照权利人的实际损失给予赔偿。如果实际损失难以计算，可以按照侵权人的违法所得进行赔偿。赔偿的金额还应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。
在计算软件著作权侵权赔偿金额时，首先需要确定权利人的实际损失。如果权利人的实际损失无法准确计算，可以考虑侵权人的违法所得作为赔偿的依据。侵权人的违法所得是指侵权行为导致侵权人获得的不正当利益。
此外，赔偿的金额还应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。合理开支是指权利人为制止侵权行为而进行的合理支出，包括但不限于律师费、调查费、鉴定费等。
如果权利人的实际损失或侵权人的违法所得无法确定，人民法院将根据侵权行为的情节来判决赔偿金额。根据《中华人民共和国著作权法》的规定，赔偿金额不得超过五十万元。
因此，在软件著作权侵权案件中，赔偿金额的计算方法主要考虑权利人的实际损失、侵权人的违法所得以及权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。根据侵权行为的情节，人民法院将判决赔偿金额，但最高不超过五十万元。
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