被告一与王某签订的是“建设项目责任承包协议”，而非资质挂靠合同。王某作为实际施工人承包工程项目后，享有整体工程利润，但在施工质量、施工安全及款项结算上接受被告一的监督管理。这与原告所称的被告二作为法人借用被告一资质的承包方式不同。王某作为实际施工人的合法利益应得到保障。
根据电气合同第四条记载，190005.1元被注明为电气部分总价款，但实际双方是按照100万元分包价去履行，并在190005.1元总价款范围内根据原告合格施工量结算工程款。双方已支付原告1200000元工程款，还有约30万左右余款未结算，但需扣除扣余款17%的增值税额及6%的分包工程管理费后约余有18万元最后结算款。然而，原告需要按原状返还非法扣押的王某汽车及车内财物。
原告提出的超合同结算工程款没有事实与法律依据。原告应在电气合同记载的190005.1元总价款范围内结算工程款。原告也没有签署过超出《电气消防施工合同》以外的任何“增项工程”协议书及确认单。从法理上来讲，对工程项目的调整变动只能在直接合同相对方之间发生法律效力。除非另有合同或确认书等书面证明，否则不会发生超过原合同结算的法律后果。被告二另行签订的“关于南京某公司厂房改造增项施工合同”是其合法结算依据。在判断是否可以额外结算工程款时，应严格以合同规定为准。
被告二并未在《电气消防施工合同》上加盖公章，只有被告二的法人代表王某作为签约代表的签字。从合同的相对性来看，被告二作为公司法人不应对该合同承担连带责任。关于“南京某电子科技有限公司三厂厂房改造项目”的项目整体承包人及实际施工人王某如何与被告一或南京某公司结算工程款，应另行处理。
综上所述，原告的诉请不仅于法无据，而且不符合基本常理。原告起诉被告二在主体资格上也不适格。为维护被告二的合法权益，请法庭依法驳回原告的起诉。
此致
南京市某某区人民法院
代理人：
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