我们可以根据《意见》明确规定，“对于借户籍制度改革或者擅自通过‘村改居’等方式非经法定征收程序将农民集体土地转为国有土地、农村集体经济组织非法出让或出租集体土地用于非农业建设、城镇居民在农村购置宅基地、农民住宅或‘小产权房’等违法用地，不得登记发证。对于不依法依规进行土地确权登记发证或登记簿规范造成严重后果的，严肃追究有关人员责任”。
对于在小产权房确权登记中出现的土地纠纷矛盾，农村集体土地确权登记的原则是纠纷矛盾不调解完，将不会对小产权房予以登记发证。
二、小产权房拆除后如何赔偿
小产权房是没有合法的不动产登记证书的，若小产权房涉及拆迁，各地做法也不一，建议积极与拆迁人协调处理。
若小产权房涉及赔偿，由于社区给了门牌、可以把户口迁过去，足以证明你对房屋的合法使用，你有权要求安置赔偿，但具体赔偿是否包括重新安置一套房子给你，则看你所买的小产权房的项目土地性质等等。
但不管怎样，你依然是拆迁安置对象：即合法的房屋居住权人，你有权要求安置居住房，同时有关搬迁补助、装修赔偿等等，亦可一并主张。具体怎么赔法应参照当地拆迁赔偿标准，以所签署的拆迁安置协议为准。
三、购买小产权房屋存在以下风险（一）小产权房无产权保障，不具有房屋所有、转让、处分、收益等权利，且不能办理房屋产权过户手续。
（二）小产权房并没有国家的产权证书，只有乡政府或村委会给的产权证，不能像大产权的房子一样抵押、流转。如果小产权房遇到国家征地或拆迁，小产权房的购房人的利益将很难保证。双方签署的小产权房购房合同也不是法律认可的正式购房合同，如果小产权房的房产出现纠纷，缺少法律支持。
（三）购买小产权房无法办理贷款，只能一次性或分期付款，这样无形中会加大购房人的资金压力，增加购房风险。
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