根据《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第47条的规定，建设工程合同必须进行备案。该法规要求中标人在订立书面合同后的7日内，将合同提交给工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门进行备案。
建设工程合同备案的流程包括以下几个步骤：
1. 网上申报：承包人首先需要登录政府门户网站，并进入建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案的网上申报。根据合同的具体性质和内容，在相应的合同备案表中填写相关信息，并打印出带有条形码的合同备案表。
2. 办理备案手续：合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。在办理过程中，备案机构会对合同当事人提供的备案资料进行审核。
3. 签发合同备案表：如果合同备案资料符合要求，备案机构会加盖合同备案专用章，并正式签发合同备案表。
通过以上流程，建设工程合同的备案手续便完成了。
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