根据中华人民共和国公司法第三十二条的规定，私下签订的股权转让协议具有法律效力。然而，如果没有进行工商办变更登记，该协议不能对抗第三人的主张。
对于有限责任公司的股东变更，公司应当在变更之日起30日内申请变更登记，并提交新股东的主体资格证明或者自然人身份证明。
根据公司法的规定，有限责任公司应当准备股东名册，并在名册中记录以下事项：
在股东名册中记录的股东，可以根据名册主张行使股东权利。公司应当向公司登记机关登记股东的姓名或者名称。如果登记事项发生变更，公司应当办理相应的变更登记。未经登记或者变更登记的情况下，股东不能对抗第三人的主张。
以上是根据中华人民共和国公司法的相关规定，对私下签订的股权转让协议以及有限责任公司变更股东的登记义务进行的解释。
公司法第34条关于股东权益保护的规定。该条款明确了股东的权利，包括查阅和复制公司章程、决议和财务报告等。股东还有权要求查阅公司会计账簿，如公司拒绝提供查阅，股东可向法院提起诉讼。该规定加强了对股东权益的保护，完善了查阅程序，并将举证责任交给了公司。
股东资格和公司股东所拥有的权利。股东资格需满足公司法规定的条件，包括自然人股东需具备完全行为能力，法人股东需为从事营利性活动的法人，公司不得成为自己的股东等。股东权利包括股票或其他股权证明的请求权、股份转让权、股息红利分配请求权等。
股东转让出资的条件及限制。股东间转让出资是自由的，可以向第三方转让但需全体股东过半数同意。其他股东在同等条件下享有优先购买权。此规定旨在维护公司内部的合作关系和公司稳定发展。
贵所与×××××公司合作协议的审查与修改建议。建议修改甲方的义务与权利，包括设备投入、权利设计实验方案等条款；删除乙方的权利部分中关于优先权的条款。旨在促进贵所与其他公司合作时的公平性和合作效率。
