在电子商务环境下，常设机构的认定规则变得困难，难以确定网址、服务器、ISP是否属于常设机构。这导致在同等市场条件下，电子商务纳税人所承担的税收负担较传统交易纳税人要轻，从而使电子商务纳税人处于更有利的竞争地位。然而，如果政府为了避免税收在电子商务中的大量流失而匆忙制定新的税收规则，将会导致新的税收不公。
在电子商务环境下，难以确定常设机构的成立，纳税人的经营地址和纳税地点也难以确定，这削弱了来源地国的税收管辖权。与此同时，居住国可以凭借居民税收管辖权对电子商务纳税人征税，从而取得原本应属于来源国的税收。这导致本应由来源国和居住国分享的税收利益变成了由居住国独占享有，严重破坏了国际间税收利益的分配平衡。
在电子商务环境下，来源地国往往会根据自身利益对现行的税收管辖权规则进行有利的解释。当主张居民税收管辖权的国家与主张所得来源地税收管辖权的国家发生争议时，双方无法依据现行税收协定确定税收分配比例，从而导致双重征税现象的发生。这必然严重阻碍了电子商务的发展。
在跨国电子商务中，不同国家的当事人可以通过国际互联网络直接进行交易，如谈判、订货和付款等。这使得在来源国境内设立营业场所、固定机构或委托营业代理人开展业务的传统方式失去了意义，从而引发了国际逃避税问题。此外，将网址或服务器视为常设机构的情况下，企业可以将服务器放置在避税港，以避免来源地国的税收管辖，导致大量国家税收的流失。
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