被收购后的公司的运营方式应由收购方与被收购方协商确定，法律对此并无具体规定。有些公司在被收购后选择保持独立运营。
根据《中华人民共和国公司法》第一百七十二条规定，公司合并可以采取吸收合并或新设合并的方式。
吸收合并指一个公司吸收其他公司，被吸收的公司解散。而新设合并则是两个以上公司合并后设立一个新的公司，合并各方解散。
根据《中华人民共和国公司法》第一百七十三条的规定，公司合并时，合并各方应签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。同时，公司应在作出合并决议之日起十日内通知债权人，并在三十日内在报纸上进行公告。债权人在接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的债权人在公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或提供相应的担保。
根据《中华人民共和国公司法》第一百七十四条的规定，公司合并时，合并各方的债权和债务应由合并后存续的公司或新设的公司承继。
两个公司合并后的资质是否可以保留的问题。根据相关规定，企业吸收合并或新设合并后，如果原企业已办理工商注销并提出资质证书注销申请，合并后的企业可以申请继承原有企业的资质。对于短期内无法办理工商注销的企业，合并后的企业可以在一定有效期内使用资质证书，逾期
公司股权变更登记的程序和所需资料。当事人需前往工商局领取申请表并填写公司变更表格，同时准备相关证件和资料前往工商局、质量技术监督局和税务局办理变更登记。股权变更所需资料包括公司变更登记申请表、公司章程修正案等。具体申报资料包括公司法定代表人签署的申请
公司合并后员工档案的处理方法。合并后的公司需承继原有员工档案，并继续履行原有劳动合同。另外，文章还介绍了公司合并重组的程序以及合并后裁员的处理方法，包括经济补偿金的支付标准和计算方式。
公司解散的相关法律规定。股东大会的决议需经过出席会议的股东三分之二以上表决权通过方为有效。在公司合并、分立、解散等情况下，需依法办理登记事项变更手续。保护公司和股东的合法权益，确保公司决策合法性。
