根据《财政部、国家税务总局关于增值税若干政策的通知》(财税〔2005〕165号)，企业清算时，存货不作进项税额转出处理，留抵税额也不予以退税。然而，根据该文件的规定，增值税留抵税额在企业清算过程中不能抵税，而是转入存货的成本。
企业清算时，应先进行资产评估和清查。如果发现存货和已抵扣进项税金的固定资产发生非正常损失，按照《增值税暂行条例》第十条的规定，应进行进项税额转出处理，需补缴增值税，并相应减少增值税留抵税额。
根据《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕60号)规定，企业清算时，所有资产应按可变现价值或交易价格确认资产转让所得或损失。在向股东分配剩余存货和已抵扣进项税金的固定资产之前，企业可以使用增值税销项税金抵减留抵税额。如果留抵税额抵减完毕，则需要缴纳增值税。如果留抵税金未抵减完毕并将存货和已抵扣进项税金的固定资产作为剩余财产向股东分配，税务机关将不再退税。由于留抵税额属于“应交税费”的一项内容，应将其作为“负债清偿损益”处理，并在相关申报表中填报。
如果企业清算时没有存货和已抵扣进项税金的固定资产，直接将剩余财产向股东分配，税务机关将不再退税。在相关申报表中，将留抵税金填入“应交税费”栏目。
需要注意的是，《企业清算所得税申报表》中包括“清算税金及附加”项目，该项目指的是清算过程中除企业所得税和允许抵扣的增值税以外的各项税金及其附加。企业清算环节缴纳的增值税无法在本企业抵扣，不再将其作为价外税，而是作为“清算税金及附加”处理。
破产案件的工商备案程序。根据《中华人民共和国企业破产法》，债务人或债权人可向法院申请重整、和解或破产清算。不同级别法院负责不同工商行政管理机关核准企业的破产案件。完成破产程序后需进行工商备案，确保相关信息得到注销。特殊情况下可调整地域管辖范围。
已分配利润公司破产清算的追回问题，以及破产案件的管辖规定。根据企业破产法相关规定，已分配利润不能追回，但特定情况下的财产转让如无偿转让和以明显不合理价格交易可追回。同时，涉及债务人财产的其他无效行为，管理人有权追回。关于破产案件的管辖，遵循地域管辖、
公司破产清算后债权归属问题。破产清算过程由清算组接管公司并对破产财产进行清算、评估、处理和分配。剩余财产分配分为确定分配方案和执行分配方案两个步骤。不同类型的企业应有不同的分配方案，且清算组在清算期间行使多项职权，包括处理清偿债务后的剩余财产等。
公司因项目融资后破产的法律程序。当公司严重亏损、无法清偿债务时，会进入破产清算程序。法院会宣告企业破产并成立清算组，由专业人员组成。随后进行财务审计、破产财产清理和制定分配方案。最后，制作破产清算报告并终结破产程序。
