根据《财政部、国家税务总局关于增值税若干政策的通知》(财税〔2005〕165号)，企业清算时，存货不作进项税额转出处理，留抵税额也不予以退税。然而，根据该文件的规定，增值税留抵税额在企业清算过程中不能抵税，而是转入存货的成本。
企业清算时，应先进行资产评估和清查。如果发现存货和已抵扣进项税金的固定资产发生非正常损失，按照《增值税暂行条例》第十条的规定，应进行进项税额转出处理，需补缴增值税，并相应减少增值税留抵税额。
根据《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕60号)规定，企业清算时，所有资产应按可变现价值或交易价格确认资产转让所得或损失。在向股东分配剩余存货和已抵扣进项税金的固定资产之前，企业可以使用增值税销项税金抵减留抵税额。如果留抵税额抵减完毕，则需要缴纳增值税。如果留抵税金未抵减完毕并将存货和已抵扣进项税金的固定资产作为剩余财产向股东分配，税务机关将不再退税。由于留抵税额属于“应交税费”的一项内容，应将其作为“负债清偿损益”处理，并在相关申报表中填报。
如果企业清算时没有存货和已抵扣进项税金的固定资产，直接将剩余财产向股东分配，税务机关将不再退税。在相关申报表中，将留抵税金填入“应交税费”栏目。
需要注意的是，《企业清算所得税申报表》中包括“清算税金及附加”项目，该项目指的是清算过程中除企业所得税和允许抵扣的增值税以外的各项税金及其附加。企业清算环节缴纳的增值税无法在本企业抵扣，不再将其作为价外税，而是作为“清算税金及附加”处理。
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