根据国家知识产权局《专利审查指南》的规定，在进行专利申请的实质审查过程中，如果出现以下情形之一，审查员应当进行补充检索，以获得更适合的对比文件：
如果申请人修改了权利要求，导致原先的检索范围不再覆盖修改后权利要求的保护范围。
如果申请人澄清了某些内容，导致原先的检索不完整或不准确。
如果第一次审查意见通知书以前的检索不完整或不准确。
如果审查意见的改变导致已经进行的检索不完整或不准确，需要增加或改变检索领域。
在复审后的继续审查过程中，如果出现上述情形，也应当进行补充检索。此外，在对于可能构成抵触申请的指定中国的国际专利申请文件，应当在发出授予专利权通知之前，通过补充检索查看其是否进入了中国国家阶段并作出了中文公布。
除专利法及其实施细则另有规定外，实质审查程序只有在申请人提出实质审查请求的前提下才能启动。审查员只能根据申请人依法正式呈请审查的申请文件进行审查，包括申请时、修改时或答复审查意见通知书时。
在实质审查过程中，审查员在作出驳回决定之前，应当给申请人提供至少一次针对驳回理由和证据陈述意见和/或修改申请文件的机会。也就是说，审查员在作出驳回决定时，必须在之前的审查意见通知书中告知申请人涉及的驳回理由和所依据的证据。
在对发明专利申请进行实质审查时，审查员应当尽可能地缩短审查过程，尽早结案。因此，除非确认申请没有被授权的前景，审查员应当在第一次审查意见通知书中，通知申请人申请中不符合专利法及实施细则规定的所有问题，并要求申请人在指定期限内答复，以减少与申请人的通信次数。但是，审查员应当注意，不能以节约程序为理由违反请求原则和听证原则。
审查是否符合专利法第五条的规定，即申请专利的主题是否违反国家法律、社会公德或妨害公共利益。
审查是否符合专利法第二十五条的规定，即申请专利的主题是否属于不能授予专利权的范围。
审查是否符合专利法第三十三条的规定，即专利申请是否符合单一性的要求。
审查是否符合专利法第三十一条的规定，即申请人对申请进行修改或提出分案申请时，是否超出了原说明书和权利要求书记载的范围。
审查是否符合专利法及实施细则中规定的发明定义，即对产品、方法或其改进所提出的新技术方案。
审查是否符合专利法实施细则第十八条的规定，即发明书的撰写是否符合要求并对所要保护的发明作了清楚、完整的说明，使技术人员能够实现。
审查是否符合专利法实施细则第二十条的规定，即权利要求书是否清楚、简要地表述了请求保护的范围，并以说明书为依据，独立权利要求是否包含了解决发明所要解决的技术问题的全部必要技术特征。
审查是否符合在申请要求优先权的情况下，如果发现在优先权日与申请日之间其他人就同一主题提出了另外的专利申请，或经过检索发现存在此期间公开的相关文件时，审查优先权要求是否成立，并根据对比文件判断该发明专利申请的专利性。
发明专利申请自申请日起三年内，国家知识产权局可以根据申请人随时提出的请求，对其申请进行实质审查。如果申请人无正当理由逾期不请求实质审查，该申请将被视为撤回。国家知识产权局认为必要时，可以自行对发明专利申请进行实质审查。
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