出资瑕疵是指在公司设立或增资过程中，股东未按时足额将认缴的股份金额存入公司账户，或者虽已存入公司账户，但利用对公司的控制地位将股本转出不用于公司经营。出资瑕疵还包括承诺出资的财产价值不足、承诺出资的财产已交付但未办理过户手续、承诺出资的财产已办理过户手续但未交付公司使用等情况。此外，还包括以无权处分的财产出资、以赃款或赃物出资等特殊形式。
股东未履行出资义务并不影响其已存在的股东资格。股东资格的确认依据是公司章程、股东名册以及工商行政部门的登记记录。这些文件可以证明股东资格的存在，但并不能证明股东已履行出资义务。
根据我国新《公司法》第200条和第201条的规定，对于公司发起人或股东虚假出资或抽逃出资的情况，公司登记机关应先责令改正，然后可以处以罚款等处罚措施，但并不直接否定其股东资格。同时，我国公司法也没有规定其他股东对瑕疵股东启动失权程序的权利。因此，在我国，公司或其他股东没有法律依据来否定瑕疵出资者的股东资格。一般情况下，确定某人是否享有该公司的股权，应看其是否具有持有公司股份的约定，是否在公司章程、股东名册或登记管理机关的文件中记载为股东，而不是看其是否依法出资。这也是各国立法的通例。
瑕疵出资可能会导致股东权利受到限制。
根据司法解释(三)第17条的规定，未履行或未全面履行出资义务或抽逃出资的股东，其受限的股东权利范围包括利润分配请求权、新股优先认购权、剩余财产分配请求权等财产性的自益股东权利，但不包括表决权、知情权等共益性股东权利。司法解释(三)的这一规定消除了学界和司法界对瑕疵股东权利受限范围的争议。
根据司法解释(三)的规定，对未履行或未全面履行出资义务或抽逃出资的股东权利进行限制，应当通过公司章程的规定或股东会决议的方式进行。换言之，如果公司章程没有相关规定，或者股东会没有以有效决议的方式做出相关决定，公司或其他股东不能自行对瑕疵出资的股东权利进行限制。这是股东权利受限的程序性要求。
一般情况下，瑕疵出资的股东在未补正出资之前，其股东权利受到限制，并且该受限的权利可以追溯到公司设立或增资之时。对于以实物出资且需要办理过户登记手续的股东来说，因为出资涉及到实物交付和产权过户两个方面，只要其中一项未完成即构成瑕疵出资。对于未交付实物或未办理产权过户手续的瑕疵出资股东，司法解释(三)也规定了不同的受限期间。
根据司法解释(三)第10条的规定，如果出资人以房屋、土地使用权或需要办理权属登记的知识产权等财产出资，已经交付公司使用但未办理权属变更手续，公司、其他股东或公司债权人主张出资人未履行出资义务，法院应责令当事人在合理期限内办理权属变更手续。如果在规定期限内办理了权属变更手续，法院应认定其已履行出资义务。如果出资人主张自实际交付财产给公司使用时享有相应股东权利，法院应予支持。如果出资人已办理了权属变更手续但未交付给公司使用，公司或其他股东主张其向公司交付并在实际交付之前不享有相应股东权利，法院应予支持。
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