农产品商标、地理标志以及农产品地理标志这三个概念之间存在密切的关系。虽然学界一般认为地理标志与商标是完全不同的概念，但我认为地理标志是商标的一种特殊形式，可以看作是商标的下位概念。商标的根本作用是区别商品和服务的来源，而地理标志也是为了区分产品的来源而产生的，因此地理标志实际上是一种特殊类型的商标。
商标和地理标志都是用于区分产品来源的标志，它们在形式上有所差异，但本质上是相同的。美国专利商标局的Robert Stoll指出，商标和地理标志具有相同的功能，都是用于识别产品来源、质量和商业信誉的集合体。因此，将地理标志视为商标的子集是合理的，地理标志是土地上产源的识别标志，也是质量和商业利益的集合体。
有些学者认为地理标志不属于商标的范畴，主要有以下三个理由。首先，他们认为商标是商标设计者的创造性劳动成果，而地理标志则直接使用地理名称来说明产品的来源。然而，商标的价值不仅在于设计者的创造性劳动，更在于其承载的商业信誉。商标和地理标志都是商誉的载体，形式上的差异并不能掩盖其本质上的同一性。
其次，他们认为商标权是一种主体唯一的权利，而地理标志权则由一定范围内的所有人共享。然而，商标权利主体也可以是一个集体，商标的权利在被许可使用后也不再是唯一的。事实上，包括我国在内的许多国家将地理标志纳入集体商标和证明商标的体系中进行保护，这一作法在理论上是有依据的。
第三，他们认为商标具有可转让性，而地理标志则没有。然而，集体商标和证明商标这两种特殊商标也不具备可转让性。因此，地理标志并不是独立于商标存在的概念，将其与商标区分开来不仅没有意义，还容易导致用语上的混乱。
在弄清了商标与地理标志的关系后，我们可以探讨农产品商标与地理标志以及农产品地理标志之间的关系。地理标志是商标的下位概念，但它并不是农产品商标的下位概念。地理标志主要适用于农产品，其产生是为了保护具有特色的地方产品。这些产品的特色形成多源自于当地独特的自然环境和人文因素。而农产品的特色形成则多源于气候、土壤、水质等自然因素以及特殊工艺、传统技术和加工方法等人文因素的培育。
地理环境的差异对于农产品特色的形成起着决定性的作用。虽然地理标志与农产品有着紧密的联系，但农产品商标的外延与地理标志的外延并不完全重合。农产品商标和地理标志存在交集，这个交集就是农产品地理标志。同时，地理标志也不仅仅适用于农产品，瓷器、丝绸、酒类产品等也可以使用地理标志来区分来源。
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