商业秘密的损失计算一般有以下两种方式：
一是以商业秘密权利人因侵权行为遭受的损失作为定罪量刑和实际赔偿的依据。商业秘密权利人可计算的财产、收入方面的损失应全部作为损失的数额。这里既包括权利人本身的收入，也包括权利人预期的若干年内收益。主要考虑的因素有：商业秘密的开发投入、商业秘密的成熟程度、商业秘密的利用周期及其是否可以重复利用，以及商业秘密的使用和转让、市场的供求状况等。
二是以侵权人因侵权行为获得的利益作为损失和赔偿额。这种损失的计算以侵权人未再向第三人披露、转让和不为其他公众所知为前提。对于非法将商业秘密出卖给他人的，以其非法出卖收入为损失额;违法使用商业秘密进行生产经营活动的，以其因此获得或增加的利润为损失额。
司法实践中，商业秘密权利人的损失往往难以计算，法院通常以侵权人所获得的利润作为裁判的依据。在计算侵权人在侵权期间因侵权所获得的利润时，不能简单地以销售额为获利额，也不能以已生产的产品的价格总额乘以平均利润率为获利额，一般情况下，以销售额乘以平均利润率为获利额较为妥当。商业秘密权利人的损失包括已经遭受的损失和必然遭受的损失即直接损失和间接损失，而侵权人的获利是实际获利，而不包括预期获利。但考虑到商业秘密权利人与其实有或潜在的客户的交易能否成交存在着或然性，而不是必然性，交易中的风险无时不在。为了公平、完整、全面地维护各方当事人的利益，司法实践中有些法院将侵权人的销售额乘以平均利润率的1/2为获利额，这种做法值得借鉴。
另外，在审判实践中，某些侵犯商业秘密的行为往往是连续的，有的持续时间较长，此时，对损失额的计算，不能简单地以被告的侵权所得为损失额，还必须考虑时效问题，如果被害人早已知道被告人的侵权行为，却没有采取任何措施，在超过诉讼时效之后，才向有关机关寻求救济的，其损失额的计算应当自向有关机关寻求救济之日起向前推算两年计算，超过规定期限的损失不予保护。
商业秘密的定义、重要性及其保护制度。商业秘密指未公开、具实用性并能带来经济利益的技术和经营信息。劳动者有保守商业秘密的义务。现行保护制度主要基于《反不正当竞争法》。商业秘密对企业竞争力和生存发展至关重要，集体协商代表也应遵守保密义务。
保密协议的内容，主要涉及到甲方在日常经营中的商业秘密保护问题。乙方作为甲方项目的参与人员，需要对其所接触到的商业秘密进行严格保密。协议中详细列出了乙方需保密的甲方商业秘密范围，包括商业运作模式、业务规则和规章制度、业务数据、财务数据、客户信息数据等。
随着产业发展，商业竞争日益激烈，一些商业秘密的泄露直接威胁到企业的生存。目前，一些劳动者跳槽到与原单位有竞争关系的单位工作，侵犯了原单位的权益，给相关企业特别是高新技术企业造成了巨大损失。为此，劳动合同法对此进行了明确规定，对用人单位和劳动者都起到了
泄露商业秘密将承担民事和刑事责任。一般情况下，侵权人需赔偿给权利人造成的损失。如果泄露商业秘密导致权利人遭受重大损失，则需承担刑事责任。根据《刑法》第219条第1款第3项规定，违反约定或者违反权利人要求保守商业秘密，披露、使用或允许他人使用所掌握的商
