商业秘密的损失计算一般有以下两种方式：
一是以商业秘密权利人因侵权行为遭受的损失作为定罪量刑和实际赔偿的依据。商业秘密权利人可计算的财产、收入方面的损失应全部作为损失的数额。这里既包括权利人本身的收入，也包括权利人预期的若干年内收益。主要考虑的因素有：商业秘密的开发投入、商业秘密的成熟程度、商业秘密的利用周期及其是否可以重复利用，以及商业秘密的使用和转让、市场的供求状况等。
二是以侵权人因侵权行为获得的利益作为损失和赔偿额。这种损失的计算以侵权人未再向第三人披露、转让和不为其他公众所知为前提。对于非法将商业秘密出卖给他人的，以其非法出卖收入为损失额;违法使用商业秘密进行生产经营活动的，以其因此获得或增加的利润为损失额。
司法实践中，商业秘密权利人的损失往往难以计算，法院通常以侵权人所获得的利润作为裁判的依据。在计算侵权人在侵权期间因侵权所获得的利润时，不能简单地以销售额为获利额，也不能以已生产的产品的价格总额乘以平均利润率为获利额，一般情况下，以销售额乘以平均利润率为获利额较为妥当。商业秘密权利人的损失包括已经遭受的损失和必然遭受的损失即直接损失和间接损失，而侵权人的获利是实际获利，而不包括预期获利。但考虑到商业秘密权利人与其实有或潜在的客户的交易能否成交存在着或然性，而不是必然性，交易中的风险无时不在。为了公平、完整、全面地维护各方当事人的利益，司法实践中有些法院将侵权人的销售额乘以平均利润率的1/2为获利额，这种做法值得借鉴。
另外，在审判实践中，某些侵犯商业秘密的行为往往是连续的，有的持续时间较长，此时，对损失额的计算，不能简单地以被告的侵权所得为损失额，还必须考虑时效问题，如果被害人早已知道被告人的侵权行为，却没有采取任何措施，在超过诉讼时效之后，才向有关机关寻求救济的，其损失额的计算应当自向有关机关寻求救济之日起向前推算两年计算，超过规定期限的损失不予保护。
侵犯商业秘密罪及其客体的问题。侵犯商业秘密罪涉及以不正当手段获取、披露或使用商业秘密，侵犯了商业秘密管理制度和权利人的合法权利。证据认定面临权利人配合问题，信息是否属商业秘密需专业鉴定。损失计算是区分罪与非罪的关键，主要包括商业秘密权利人的损失、侵权
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