发明专利申请的实质审查是申请审批程序的第二个阶段，其主要目的是从技术角度确定发明的专利性，即审查其是否符合专利法所规定的新颖性、创造性和实用性的要求。一般情况下，申请人向专利局提出实质审查请求并缴纳审查费后，实质审查程序即开始进行。然而，对于那些对国计民生有重大作用的发明，专利局认为必要时可以自行对其进行实质审查。
在发明专利申请的实质审查过程中，专利局的一项重要工作是进行文献检索。根据专利合作条约（PCT）的规定，成员国在审批专利时必须检索“最低限度文献量”，其中包括自1920年以来公布的七个国家和两个国际组织的专利文献以及过去五年的非专利文献。审查员有针对性地查找与申请专利的发明直接相关的文献，作为判断该发明是否具备专利性的依据。
审查员将实质审查中的意见以书面形式通知申请人，并要求申请人就申请中一些不符合专利法规定的内容陈述意见或进行修改。这种来往信件根据具体情况可以进行一次或多次。在特殊情况下，审查员和申请人也可以通过会见的方式当面解释一些难以通过信件表达清楚的问题。
专利局将实质审查结果以决定书的形式通知申请人，并予以公告。决定书分为两种类型：
商标注册超过五年后是否可撤销的问题。根据《商标法》的规定，商标局和商标评审委员会在处理宣告注册商标无效的申请时，有一套详细的流程和规定。包括以书面形式通知当事人、限期提出答辩、商标评审委员会九个月内作出裁定等。在审查过程中，如果涉及到在先权利的确定，
未注册商标是否构成侵权的问题。根据《商标法》和相关规定，未经商标注册人许可使用与其注册商标相同或近似的商标、销售侵犯注册商标专用权的商品等行为均构成侵权。但在先权利使用、指示性使用及叙述性使用等情况下，不构成商标侵权。
审查员在驳回决定通知书中都会写明驳回理由的。认真阅读驳回决定通知书，有助于了解理解审查员的意见，根据意见做出相应的处理。如果觉得审查员的意见没有道理，可以在收到驳回决定通知书3个月内向专利复审委员会提交复审请求，并同时缴纳复审的官费。在复审请求中要写
发明专利3500元，新型3000元，发明实审7500元，请求项超过10项者，每项加收800元。台湾专利分发明专利、新型专利、新式样专利三种类型，三种类型申请案皆需实质审查，申请案文件齐全符合基本要求后自动进入实质审查，不需申请人提出实审请求。台湾发明专利期限为20年，
