由于法院不能主动适用诉讼时效，所以即使工程索赔超过期限也是可以进行起诉的，但对方可以提出不履行义务的抗辩。
《中华人民共和国民法典》第一百九十二条 诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。
诉讼时效期间届满后，义务人同意履行的，不得以诉讼时效期间届满为由抗辩;义务人已经自愿履行的，不得请求返还。
《中华人民共和国民法典》第一百九十三条 人民法院不得主动适用诉讼时效的规定。
根据民法典规定，工程索赔诉讼时效期间通常为权利人知道或者应当知道权利受到损害之日起3年。
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条 向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
《中华人民共和国民法典》第一百九十四条 在诉讼时效期间的最后六个月内，因下列障碍，不能行使请求权的，诉讼时效中止：
(一)不可抗力;
(二)无民事行为能力人或者限制民事行为能力人没有法定代理人，或者法定代理人死亡、丧失民事行为能力、丧失代理权;
(三)继承开始后未确定继承人或者遗产管理人;
(四)权利人被义务人或者其他人控制;
(五)其他导致权利人不能行使请求权的障碍。
自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。
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