1、专利申请涉及国防利益需要保密的，由国防专利机构受理并进行审查;国务院专利行政部门受理的专利申请涉及国防利益需要保密的，应当及时移交国防专利机构进行审查。
2、法律依据：《中华人民共和国专利法实施细则》
第七条 专利申请涉及国防利益需要保密的，由国防专利机构受理并进行审查;国务院专利行政部门受理的专利申请涉及国防利益需要保密的，应当及时移交国防专利机构进行审查。经国防专利机构审查没有发现驳回理由的，由国务院专利行政部门作出授予国防专利权的决定。
国务院专利行政部门认为其受理的发明或者实用新型专利申请涉及国防利益以外的国家安全或者重大利益需要保密的，应当及时作出按照保密专利申请处理的决定，并通知申请人。保密专利申请的审查、复审以及保密专利权无效宣告的特殊程序，由国务院专利行政部门规定。
(1)涉及国防利益需要保密的专利申请
由国防专利局进行审查，经审查没有发现驳回理由的，由专利局根据国防专利局的审查意见作出授予国防专利权的决定，并委托国防专利局颁发国防专利证书，同时在专利公报上公告国防专利的专利号、申请日和授权公告日。
国防专利复审委员会作出宣告国防专利权无效决定的，专利局应当在专利公报上公告专利号、授权公告日、无效宣告决定号和无效宣告决定日。
(2)涉及国防利益以外的国家安全或者重大利益需要保密的发明或者实用新型专利申请
由专利局按照以下程序进行审查和管理。审查员应当对确定需要保密的专利申请案卷作出保密标记，在对该专利申请作出解密决定之前，对其进行保密管理。保密专利申请的初步审查和实质审查均由专利局指定的审查员进行。
对于发明专利申请，初步审查和实质审查按照与一般发明专利申请相同的基准进行。初步审查合格的保密专利申请不予公布，实质审查请求符合规定的，直接进入实质审查程序。经实质审查没有发现驳回理由的，作出授予保密发明专利权的决定，并发出授予发明专利权通知书和办理登记手续通知书。
外国专利与自主研发技术的侵权问题，涉及专利保护的地域性、专利申请的要求以及在不同情况下的处理方式。对于外国专利未在中国申请的情况，申请人可提出专利申请但需证明技术创新；若外国人已在中国申请专利，则国内生产相同产品可能侵权。申请专利的技术需具备新颖性、
专利申请被驳回后的复审时间问题。依据我国专利法规定，专利申请人对驳回申请的决定不服的，可在收到通知起三个月内请求复审。复审由国务院专利行政部门的专利复审委员会负责，并会在复审后作出决定。若申请人对复审决定仍不服，可在三个月内向人民法院提起诉讼。
我国对发明专利申请实行的是实质审查制，即对发明专利申请不仅进行初步审查，而且还进行实质审查。实质审查程序从国家知识产权局的实质审查部门接收初步审查部门送来的申请案卷开始，到发出授予发明专利权的通知或者驳回申请的决定或撤回申请为止。
实质审查是发明专利申请审批程序的第二个阶段，主要是从技术角度确定发明的专利性，即审查其是否符合专利法所规定的新颖性、创造性和实用性的要求。一般来说，申请人向专利局提出实质审查请求并缴纳了审查费以后，即开始进行实质审查。但是，对国计民生有重大作用的发明
