根据相关法律规定，公司股权转让一年多未办理变更登记仍然有效。然而，未经变更登记的股权转让不能对抗第三人。
根据《公司法》第三十二条的规定，有限责任公司应当记录股东名册，包括股东的姓名（或名称）和住所、出资额以及出资证明书编号。只有在股东名册中记录的股东才能主张行使股东权利。公司应当向公司登记机关登记股东的姓名（或名称），并在登记事项发生变更时办理变更登记。未经登记或变更登记的股权转让不能对抗第三人。
股权转让协议的效力与是否办理变更登记无关，而与以下因素有关：
1. 股权转让程序是否符合公司法和公司章程的规定。根据公司法的规定，将股权转让给非股东的人需要获得其他股东过半数的同意，并确保其他股东享有优先购买权。如果公司章程有其他规定，则按照章程执行。
2. 股权转让协议是否涉及《民法典》关于民事行为无效的情形。根据《民法典》的规定，民事法律行为会因为行为人与相对人之间存在虚假意思表示、违反强制性规定、违背公序良俗或恶意串通损害他人合法权益等情况而无效。
3. 股权转让是否需要进行行政审批手续。如果需要进行行政审批手续，股权转让合同的效力也会受到影响。
4. 对于国有股权转让，还需要考虑是否按照国有资产处置的法定程序进行。一旦股权转让协议生效，除非有特殊约定，否则股权变动将产生法律效力。
需要注意的是，股东在签署股权转让协议后，完成交易后即退出公司。虽然进行股权变更手续需要公司的协助，但未办理股权变更手续并不影响股东地位，唯一的不利之处在于不能对抗公司外的第三人。因此，建议在进行股权转让时及时办理股权变更登记。
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