1、注销他项权证后被房管局收回的流程是：贷款全部还清后，购房者需要携带银行开具的贷款结清证明到房管局进行变更登记，同时解除房屋抵押、撤销他项权利证，银行具有专门的机构办理注销他项权证手续。
2、法律依据：《城市房地产抵押管理办法》
第三十四条，以依法取得的房屋所有权证书的房地产抵押的，登记机关应当在原《房屋所有权证》上作他项权利记载后，由抵押人收执。并向抵押权人颁发《房屋他项权证》。
第三十五条，抵押合同发生变更或者抵押关系终止时，抵押当事人应当在变更或者终止之日起15日内，到原登记机关办理变更或者注销抵押登记。因依法处分抵押房地产而取得土地使用权和土地建筑物、其他附着物所有权的，抵押当事人应当自处分行为生效之日起30日内，到县级以上地方人民政府房地产管理部门申请房屋所有权转移登记，并凭变更后的房屋所有权证书向同级人民政府土地管理部门申请土地使用权变更登记。
1、以房地产作为抵押财产的，应当办理抵押物登记，抵押合同自登记之日起生效。以尚未办理权属证书的财产抵押的，在第一审法庭辩论终结前能够提供权利证书或者补办登记手续的，可以认定抵押有效。当事人未办理抵押物登记手续的，不得对抗第三人。
2、同时，当事人办理抵押物登记手续时，因登记部门的原因致使其无法办理抵押物登记，抵押人向债权人交付权利凭证的，可以认定债权人对该财产有优先受偿权。
3、但是，未办理抵押物登记的，不得对抗第三人。本案中，因作为抵押物的房屋虽然未在房地产管理机关办理抵押登记手续，但仍然具有产生抵押权生效的法律后果，即原告对被告所有的该房屋并不享有法律意义上的优先受偿权。当然，房屋抵押权人不能以该抵押权对抗第三人行使债权。
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