1、股东名册登记的办理流程如下：确认股东认购的股权；公司签发股权证明书；到工商行政部门办理相关的出资登记。
2、法律依据：《公司法》第三十二条规定，有限责任公司应当置备股东名册，记载下列事项：
(1)股东的姓名或者名称及住所；
(2)股东的出资额；
(3)出资证明书编号。
记载于股东名册的股东，可以依股东名册主张行使股东权利。公司应当将股东的姓名或者名称向公司登记机关登记；登记事项发生变更的，应当办理变更登记。未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人。
1、如果股东资格及其股权的争议发生在股东与第三人之间，则应以公司登记作为认定股东资格及其股权的依据。如果股东资格及其股权的争议发生在公司与股东、股东与股东或者股份出让人与受让人之间，这时的股东登记只具有前述的公示效力，应当以股东名册的记载和公司章程记载为认定股东资格及其股权的依据。
2、股东名册具有权利推定的效力，公司股东是在股东名册上记载的人。因此，如果股东资格及其股权的争议发生于公司与股东、股东与股东或者股份出让人与受让人之间，应当按照股东名册的记载来认定股东资格及其股权，包括对出资人和股权受让人的股东资格及其股权的认定。如果公司未置备股东名册，或者因股东名册登记管理不规范，未及时将出资人或者受让人记载于股东名册，但以其他方式能够证明出资人或者受让人的股东身份的，如已当选为公司董事参与公司决策或已经分取公司红利的，就可以认定出资人或者受让人的股东资格。
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