买卖合同逾期三天还是要扣除违约金的，因为尽管是违约一天也算是违反了买卖合同的，必须要承担相应的违约责任。合同是双方具有合意达成的协议，以意思自治为原则，因此，如果在合同中没有约定，当事人也没有追究责任，是不需要支付违约金的。但是反之就需要支付违约金。
(一)合同没有约定违约责任
《最高人民法院关于审理买卖合同纠纷案件适用法律问题的解释》第24条第4款规定“买卖合同没有约定逾期付款违约金或者该违约金的计算方法，出卖人以买受人违约为由主张赔偿逾期付款损失的，人民法院可以中国人民银行同期同类人民币贷款基准利率为基础，参照逾期罚息利率标准计算”。
由此看来，我国法律关于逾期付款的违约责任的原则是“没约定，就法定”。如果双方当事人有约定则从其约定，如果没有约定违约金或者没约定违约金的计算方法，则出卖人可以中国人民银行同期同类人民币贷款基准利率为基础，参照逾期罚息利率标准要求买受人支付逾期付款利息。
(二)合同明确约定了逾期付款的违约责任
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
合同履行完毕的合同的权利与义务就中止，但合同如果有后义务的，不履行后义务的情况下，要承担一定的责任。违约责任，是指当事人不履行合同义务或者履行合同义务不符合合同约定而依法应当承担的民事责任。违约责任是合同责任中一种重要的形式，违约责任不同于无效合同的后果，违约责任的成立以有效的合同存在为前提的。
合同违约之后是否失效了还是要看具体的情况而定，如果是在合同中约定违约之后合同就失效了的话就是失效了；如果没有约定的话就是没有失效的。
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