计算机软件著作权登记的部门是国家版权局，国家版权局认定中国版权保护中心为软件登记机构。软件著作权也称软件版权，属于特殊类版权登记，只能到国家版权局登记。无论是地方版权局还是国家版权局，登记后的作品都是全国有效。
不过值得注意的是，各类作品(计算机软件除外)授权事项登记;录音、录像制品登记;其他与著作权有关的必须到国家版权局的指定中心进行登记。由于版权登记具有很强的专业性，建议选择专业的知识产权公司进行详细的了解后再进行后续工作。
1、登记人填写软件基本信息采集表：国家版权局会根据信息采集表内容为登记人整理需要盖章签字的材料 ;
3、提供手册(电子版)：根据软件的不同类型，需要登记人提供WORD版软件使用操作手册或者软件设计说明书 ;
4、盖章及快递：国家版权局将电子版需要盖章的材料发给登记人，登记人盖章签字后快递;
5、报送审查：收到材料后将整理打印，装订后送中国版权保护中心初审;
6、版权中心复审：初审通过受理后审查31-35个工作日，约45-50天左右出审查结果并公告;
7、公告发证：公告后发放证书，收到证书后扫描给登记人确认;
8、确认付款：登记人确认后登记人支付全部费用，财务核实后会给登记人快递证书原件和全额发票。
在著作权的申请登记程序中，可以由著作权利人亲自去办理，也可以委托他人或者是专业的机构予以办理，无论如何，在为作品办理著作权登记的时候，都要准备好相关的材料，一般计算机软件著作权的登记要到国家版权局去办理。
保护计算机软件著作权人权益的重要性，定义了计算机软件的范畴和相关术语，并明确了软件著作权的保护范围和相关登记规定。软件著作权人享有发表权、署名权、修改权和复制权等权利。此外，条例还规定了软件著作权的保护不包括开发软件所用的思想、处理过程等。
网站程序属于软件设计，由《计算机保护条例》来保障开发者权益，设计人可以进行“计算机软件著作权”登记。按前、后各连续30页，共60页。不足60页的需要提交全部源程序。每页不少于50行，第60页为结束页。在页的右上角标注连续页号1-60。登记地点不在国家知识产权局，在
(一)未经软件著作权人许可，发表或者登记其软件的；(三)未经合作者许可，将与他人合作开发的软件作为自己单独完成的软件发表或者登记的；(四)在他人软件上署名或者更改他人软件上的署名的；第二十三条 除《中华人民共和国著作权法》或者本条例另有规定外，有下列侵权行
根据《计算机软件保护条例》的规定，凡是行为人主观上具有故意或过失对著作权法和计算机软件保护条例保护的软件人身权和财产权实施侵害行为的，都构成计算机软件的侵权行为。该条规定的侵犯计算机软件著作权的8种情况，是人民法院认定软件著作权侵权行为的法律依据。(一
