根据我国公司法司法解释的规定，如果在进行了事实出资后未签订股权代持协议，可以通过诉讼的方式解决。在此情况下，被告股东应当承担举证责任，证明其已履行出资义务。
根据《最高人民法院关于适用《中华人民共和国公司法》若干问题的规定(三)》：
当事人之间对是否已履行出资义务发生争议，原告提供对股东履行出资义务产生合理怀疑证据的，被告股东应当承担举证责任。
当事人向人民法院起诉请求确认其股东资格的，应当以公司为被告，与案件争议股权有利害关系的人作为第三人参加诉讼。
当事人之间对股权归属发生争议，一方请求人民法院确认其享有股权的，应当证明以下事实之一：
(一)已经依法向公司出资或者认缴出资，且不违反法律法规强制性规定；
(二)已经受让或者以其他形式继受公司股权，且不违反法律法规强制性规定。
通过与公司股东签订股权转让合同并办理股权交付和登记手续，也是当事人取得股东资格的一种方式。对于因股权转让人或股权受让人的股东资格发生的争议，应坚持以股东变更登记为基本标准，尊重股权实际转让事实的原则。
公司对股权转让有审核是否合乎公司法及公司章程规定的权利。公司办理变更登记可视为公司对股权转让和受让人股东资格的确认，对公司及其股东均具有约束力。
如果受让人已事实上承受了转让方的出资额，实际上已参与公司的经营管理，行使股东的权利并承担相应义务，但公司未办理股东变更登记手续，应该尊重事实，尊重实际已存在的法律关系，认定受让人具有股东资格，并责令公司将受让人记载于股东名册。
办理工商变更登记手续是行政管理行为，仅是对当事人已经发生的股权转让事实加以确认。是否进行工商变更登记不影响受让人股东资格的取得。但公司以外的第三人根据工商登记确定股东的，公司以及股权转让人和受让人不能对抗第三人。
如果股权转让合同约定以办理完毕工商和(或)股东名册变更登记手续为股权转让生效条件，未办理完毕工商和(或)股东名册变更登记手续之前，股权的转让不发生法律效力，仍应认定转让人为公司股东。
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