主合同是当事人经过反复磋商后签订的合同，而补充合同是在主合同对相关问题没有约定或者约定不明确的情况下，双方协商签订的合同，被合同是依附于主合同的。
根据《中华人民共和国合同法》第六十一条的规定，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充。如果无法达成补充协议，可以根据合同有关条款或者交易习惯确定。
根据《中华人民共和国合同法》第六十二条的规定，当事人就有关合同内容约定不明确，依照第六十一条的规定仍无法确定的情况下，适用以下规定：
(一) 如果质量要求不明确，应按照国家标准、行业标准履行。如果没有国家标准、行业标准，应按照通常标准或者符合合同目的的特定标准履行。
(二) 如果价款或者报酬不明确，应按照订立合同时履行地的市场价格履行。如果依法应当执行政府定价或者政府指导价，应按照规定履行。
(三) 如果履行地点不明确，给付货币的应在接受货币一方所在地履行；交付不动产的应在不动产所在地履行；其他标的应在履行义务一方所在地履行。
(四) 如果履行期限不明确，债务人可以随时履行，债权人也可以随时要求履行，但应给对方必要的准备时间。
(五) 如果履行方式不明确，应按照有利于实现合同目的的方式履行。
(六) 如果履行费用的负担不明确，由履行义务一方负担。
补充协议和原合同存在冲突时，应以补充协议为准。因为补充协议可以视为合同双方主体对合同的变更协商一致，不过这个新的约定一定要明确约定，不能模棱两可。补充协议中一般都会在尾部写明“原合同与本补充协议不一致的，以补充协议为准。”
需要注意的是，原合同明示不得变更的条款，在补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。
合同补充协议的拟定需要注意几个必备信息：一是双方当事人的基本信息需全面具体；二是说明拟定补充协议的原因；三是协议补充的内容或变更的内容。
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