知识产权质押合同纠纷是指出质人和质权人以可以转让的注册商标专用权、专利权、著作权等知识产权中的财产权作为出质物订立的质押合同所引发的纠纷。
知识产权质押合同纠纷属于合同纠纷的范畴，一般适用《民事诉讼法》第24条的规定，即由被告住所地或者合同履行地的人民法院管辖。当事人可以约定管辖问题，经法院审查合法有效且不违反知识产权案件专属管辖和级别管辖规定的约定，可以确定管辖法院。
处理知识产权质押合同纠纷的法律依据主要包括《物权法》第17章权利质押部分的规定和最高人民法院《关于适用<中华人民共和国担保法>若干问题的解释》中关于质权的规定。除了与《物权法》不冲突且司法实践需要的其他法律规定也可适用。
在广义上，知识产权合同应包括知识产权质押合同。由于《担保法》和《物权法》对可以转让的注册商标专用权、专利权、著作权等知识产权中的财产权利出质问题都有明确规定，因此在实践中应单列“知识产权质押合同纠纷”作为案由。在2008年制定的《规定》中，并未将涉及知识产权权利质押的案件列入知识产权合同纠纷案由，考虑到权利质押通常与其他民商事纠纷案件密切相关。然而，在《规定》的修改过程中，许多法院提出在知识产权合同部分单列这一案由，因此，《规定》增加了这一案由。
在实践中需要注意的是，《物权法》第227条对以知识产权中的财产权出质的权利质权设立问题和出质人处分知识产权问题进行了限制。即以注册商标专用权、专利权、著作权等知识产权中的财产权出质的当事人应当订立书面合同，并在出质登记时设立质权。出质后，出质人不得转让或许可他人使用出质的知识产权中的财产权，除非经出质人与质权人协商同意。出质人转让或许可他人使用出质的知识产权中的财产权所得的价款，应提前清偿债务或提存给质权人。
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