一是指定管辖与审判管辖不相应。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第二十四条规定，刑事案件由犯罪地人民法院管辖，《人民检察院实施刑事诉讼法规则》第二百一十七条规定，各级人民检察院提起公诉的案件应当与人民法院审判管辖相适应。然而，上级人民检察院将案件指定下级人民检察院审查起诉，下级人民检察院提起公诉后与相对应的人民法院地域管辖不相适应。
二是指定管辖法律规定不明确。虽然《人民检察院实施刑事诉讼法规则》第十五条规定上级人民检察院可以指定下级人民检察院审查需要改变管辖的案件，但刑事诉讼法对上级检察院指定下级管辖没有明确规定，下级人民检察院被指定管辖后，将案件向哪个法院起诉不明确。
三是下级法院违背管辖规定受理案件。根据《人民法院实施刑事诉讼若干问题的解释》第一百一十八条规定，对于不属于本院管辖的案件，应裁定驳回起诉。然而，上级人民检察院指定下级检察院管辖后，被指定管辖的人民检察院将案件起诉到与其相对应的人民法院，受理的人民法院无管辖权，应当裁定驳回起诉，但实际工作中人民法院受理并审判了这种案件，违背了地域管辖规定。
一是剥夺了上级检察对下级检察院办案的指挥权。根据《人民法院实施刑事诉讼法若干问题的解释》第十九条规定，上级人民法院指定管辖的，原受理案件的人民法院在收到上级人民法院指定其他法院管辖决定书后，不再行使管辖权。对于公诉案件，应当书面通知提起公诉的人民检察院，并将全部案件材料退回原提起公诉的人民检察院。这种指定管辖剥夺了上级检察对下级检察院办案的指挥权。
二是脱离了检察机关的监督。人民检察是法律监督机关，人民检察院依法对刑事诉讼实施法律监督。然而，上级法院指定下级法院管辖的案件没有经过同级人民检察院的监督，指定管辖是否符合条件、是否合法没有检察院的监督。
一是缺少相互制约机制。上级法院、上级检察院都有指定管辖权，但两种管辖没有相互制约机制，对案件是否需要指定管辖、可以指定到哪个下级院管辖缺少必要的协调一致，不利于相互配合工作。
二是上级院对下级院指定管辖权不对等。上级法院、检察院都有权指定下级院管辖，但各自的指定管辖决定只对其自己的下级院有效，对其他院无效。这导致下级检察院无上级检察院授权而审查无管辖权的案件，下级法院无上级授权而受理案件，两种指定管辖在授权指定权上不对等。
无论上级法院指定管辖还是上级检察院指定管辖，应向对方函告，对方无异议复函同意，对方不同意可经双方协商。达成一致意见后，上级法院、上级检察院向各自下级管辖相对应的法院、检察院指定管辖，并应互送指定管辖副本。这样既可以发挥检察机关的法律监督作用，又可以发挥各级检察院和各级法院之间在工作中分工协作、相互制约的作用。
上级检察院指定管辖的案件，是级人民检察院在下达指定管辖决定的同时，将案件连同上级法院的指定管辖副本移送到下级检察院；上级法院指定下级法院管辖的案件，上级法院作出指定管辖决定后，由原受案的下级法院将案件交上级人民检察院。然后由上级人民检察院向下级检察院指定管辖，同时将案件材料连同上级法院指定下级法院管辖的副本交下级检察院，由被指定管辖的下级检察院重新审查起诉提起公诉。这样使指定管辖程序合法，上级法院、检察院协调一致，共同授权下级院管辖权，下级法院、检察院不仅都有各自上级院管辖授权，而且协调工作，使审查起诉与审判相一致，顺利进行刑事诉讼。
无论上述两种管辖有利于就地调查，节约人力和物力，便于及时查明案情，使于诉讼参与人出庭诉讼。此外，扩大法制宣传教育效果，有利于震慑和打击犯罪，便于搞好预防犯罪工作。
职务犯罪的重要特点就是犯罪行为与其职务密切相关，而职务又以一定机关为依托，因此工作单位所在地就成为地区管辖的重要参照物，故《人民检察院刑事诉讼规则》第十五条规定：国家工作人员职务犯罪案件，由犯罪嫌疑人工作单位所在地人民检察院管辖；如果由其他人民检察院
依据我国相关法律的规定，对管辖权有争议的案件，在审查起诉阶段，可以由上级人民法院指定管辖，但要与人民法院协商一致。对前款第三项案件的审查逮捕指定管辖的，人民检察院应当与相应的公安机关协商一致。为了便于在实际工作中应用执行这一法律规定，最高人民法院、最
依据我国相关法律的规定，审查逮捕阶段不需要指定管辖的。一是上级侦查机关的立案指定管辖只是对于下级侦查机关的立案侦查权进行了明确，而审查逮捕、审查起诉作为人民检察院的专属职权，有其特定的管辖原则，并不受此约束，审查逮捕和审查起诉的管辖权不但要与立案管辖
行贿罪的管辖由属地检察院办理，认为不适合办理的，可以报上级机关指定管辖。第三百八十九条 为谋取不正当利益，给予国家工作人员以财物的，是行贿罪。人民检察院在对诉讼活动实行法律监督中发现的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权
