根据《刑事诉讼法》，犯罪嫌疑人在侦查期间的羁押期限不得超过两个月。然而，由于案情复杂或期限届满无法终结的案件，可以经上一级人民检察院批准延长一个月。然而，犯罪嫌疑人在侦查期间被羁押超过3个月的情况很常见。
1. 经人大批准的延长
根据《刑事诉讼法》第157条规定，对于因特殊原因在较长时间内不宜交付审判的特别重大复杂案件，最高人民检察院可以报请全国人民代表大会常务委员会批准延期审理。特殊原因和延长期限在刑事诉讼法中并没有明确规定，因此人大批准的延长期限是合法的。
2. 经市级检察院批准的延长
根据《刑事诉讼法》第158条规定，对于在本法规定的期限届满后无法侦查终结的案件，如边远地区的重大复杂案件、重大的犯罪集团案件、流窜作案的重大复杂案件以及犯罪涉及面广、取证困难的重大复杂案件，可以经省、自治区、直辖市人民检察院批准或决定延长两个月。
3. 经省级检察院批准的延长
根据《刑事诉讼法》第159条规定，对于可能判处十年有期徒刑以上刑罚的犯罪嫌疑人，在延长期限届满后仍无法侦查终结的情况下，可以经省、自治区、直辖市人民检察院批准或决定再延长两个月。
4. 因发现新罪的延长
根据新《刑事诉讼法》第160条规定，如果在侦查期间发现犯罪嫌疑人有其他重要罪行，依照法律规定重新计算侦查羁押期限。这一规定赋予了侦查机关较大的权力，即侦查机关可以以新罪名重新计算侦查期限，继续完成原来的侦查任务，并最终以新罪不成立为由销案，为原罪的侦查赢得更多时间。
5. 因当事人身份不明延长
根据新《刑事诉讼法》第160条第二款规定，如果犯罪嫌疑人不讲真实姓名、住址，身份不明，应当对其身份进行调查，侦查羁押期限从确认其身份之日起计算，但不得停止对其犯罪行为的侦查取证。因此，犯罪嫌疑人在未透露真实身份之前的羁押期限不计入总期限，这导致被羁押人无法申诉，因为被羁押的是另一个人的名字。
根据《刑事诉讼法》第172条规定，人民检察院对于公安机关移送起诉的案件，应当在一个月内作出决定。然而，对于重大、复杂的案件，可以延长半个月。
1. 用移送的办法延长时间
人民检察院在一个半月内无法完成审查起诉任务时，可以将案件移送上级或同级检察院，移送后重新计算审查起诉期限。例如，市检察院审查起诉满一个半月后，可以将案件移送省检察院，省检察院审查一个半月后再移送回市检察院，市检察院仍可继续审查一个半月。这种移送只是一种程序，旨在将审查起诉的期限延长至四个半月。
2. 用退补的办法延长时间
根据《刑事诉讼法》第175条规定，人民检察院在审查案件时发现需要补充侦查的，可以将案件退回公安机关补充侦查，或自行进行补充侦查。对于补充侦查的案件，应在一个月内完成补充侦查，最多进行两次补充侦查。补充侦查完成后移送人民检察院，人民检察院重新计算审查起诉期限。这种退补只是一种形式，退补一次可延长两个半月，退补两次可延长五个月，从而将审查起诉的时间延长至六个半月。
根据新《刑事诉讼法》第208条规定，人民法院在受理公诉案件后应在两个月内宣判，最迟不得超过三个月。然而，实践中一审的审判期限往往超过一个半月。
根据新《刑事诉讼法》第208条规定，一审审判期限可以延长的情况包括：
1. 可能判处死刑的案件。
2. 有附带民事诉讼的案件。
3. 交通十分不便的边远地区的重大复杂案件。
4. 重大的犯罪集团案件。
5. 流窜作案的重大复杂案件。
6. 犯罪涉及面广、取证困难的重大复杂案件。
根据上述情形之一，一审审判期限可以延长三个月。如果六个月仍无法结案，因特殊情况需要继续延长的，可以报请最高人民法院批准，最高人民法院对延长期限没有具体限制。
此外，公诉人和辩护律师也可以申请延期。根据《刑事诉讼法》第204条规定，检察人员发现提起公诉的案件需要补充侦查时，可以建议法院延期审理，审理期限重新计算。同样地，辩护律师如果需要通知新的证人到庭、调取新的物证、重新鉴定或勘验等情况，也可以申请延期，审理期限重新计算。
根据《刑事诉讼法》第243条规定，二审人民法院受理上诉、抗诉案件后应在两个月内审结。然而，实际中二审的审判期限往往超过两个月。
根据《刑事诉讼法》第243条规定，二审审判期间可以延长的情况包括：
1. 可能判处死刑的案件。
2. 有附带民事诉讼的案件。
3. 经省、自治区、直辖市高级人民法院批准或决定的情况。
4. 因特殊情况需要延长的，报请最高人民法院批准。
5. 最高人民法院受理上诉、抗诉案件的审理期限由最高人民法院决定。
6. 第二审人民法院发回原审人民法院重新审判的案件，原审人民法院重新计算审理期限。
7. 原审法院判决后，当事人上诉的，二审法院重新计算审判期间。
综上所述，对于犯罪嫌疑人在判决生效前最长可以羁押的时间，无法给出确切答案。以上所述是司法机关合法延长羁押期限的情况。至于司法机关非法羁押时间的情况，则无法回答。
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