首先，由医患双方自行协商达成协议，没有特定的第三人参加。这种协商简单明了，但容易造成矛盾激化，特别在双方法律知识欠缺，协议书漏洞较多的情况下，往往达成协议后双方再起争端。
其次，卫生行政部门主持达成调解协议。这种办法由当事人一方或者双方向卫生行政机关提出申请，在行政机关的主持下，双方达成协议。从目前情况看，这种办法能及时平息事态，稳定双方的情绪。
再者，当争议进入诉讼程序后，可由人民法院主持双方调解达成协议。该协议一经送达立即生效，具有强制执行力，并不得上诉。它的好处是法律效力高，规范性强。但医患双方要经历较长的时间。
除上述三种法律规定的协商解决争议方式外，还有两种新型方式可以尝试，即人民调解委员会的调解和律师参与或见证下的调解：
一、人民调解委员会的调解是指双方当事人共同向调解委员会申请调解，由后者主持调解达成协议。这种调解程序规范，达成的协议如果没有法定撤销事由，就成为合法协议，并且不收取任何费用。但目前，调解委员会对调解医疗纠纷争议肯定缺乏经验，需大胆实践。
《人民调解委员会组织条例》规定，人民调解委员会是调解民间纠纷的群众性组织，它不但可以根据当事人的申请调解，也可以主动介入调解。按照最高人民法院的司法解释，人民调解委员会达成的协议具有合同的性质，双方当事人不得随意变更和解除，而且只要协议符合合同的订立原则，协议就是有效的，人民法院将予以确认。
二、律师参与或见证的医疗纠纷协议。这种办法是指在一方或者双方的律师参与的情况下，双方协商达成协议。其好处是能够制作较为规范的协议书，欠缺的是律师见证行为，不能使协议书具有很强的效力。
不管采取哪一种协商解决的办法，签订合法有效的协议是必不可少的。以下是一些注意事项：
首先，应严格奉行我国《合同法》的一般原则。签订过程最好经过公证程序。
其次，应做到“意思表示真实”。这就需要医患双方实事求是地对医疗行为进行认定，不妨先在协议书上各自列明观点，然后再写明双方一致认同的事实。
第三，由于纠纷争议发生后，双方多处于对峙状态。有些医院会认为达成的协议是受到患方的胁迫。其实并非如此，我国《民法》规定，只有在自己或自己的近亲属受到胁迫时，才属于胁迫。
第四，许多协议还规定“患者不得就此事以任何理由起诉”，是违反法律规定的做法。因为，当事人的起诉权是民事法规定的权利。所以，协议的内容不能违反法律规定和公共利益。否则，将导致纠纷协议无效。如果协议签订后，医方担心患方再次起诉，不妨约定“医患双方放弃基于该债权债务关系的一切诉讼权”，或约定“因该医疗纠纷引起的一切债权债务关系就此终了”。
协商解决医疗纠纷之前应该找个专业律师进行咨询下，看看怎么样对自己更有利。
医疗纠纷协商解决的相关注意事项。文章介绍了协商的前提条件和合法协商的条件，包括医患双方需有协商意愿和达成一致意见等。同时，文章还指出了无效的协商协议的情况以及双方认定为医疗事故的协商条款。最后，文章介绍了保证协商协议合法有效的途径，如公证和律师见证等
行政调解医疗纠纷的程序和步骤。患者可在发现健康问题受损一年内向卫生行政部门提出处理申请，提交至相应卫生行政部门后，卫生行政部门将进行调查和鉴定并居中调解纠纷。调解达成协议后执行顺利，但患者方面对卫生行政部门的处理持保留态度。
医疗事故的赔偿方式，包括协商、卫生行政部门调解处理申请和民事诉讼三种途径。赔偿数额考虑因素包括医疗事故等级、责任程度和患者原有疾病状况。赔偿项目包括医疗费、误工费、住院伙食补助费、陪护费、残疾生活补助费等等。参与处理的患者近亲属的费用也按照规定进行计
医疗纠纷赔偿不满意的处理方式，包括和解、调解和诉讼三个途径。和解需在平等自愿基础上协商，注意遵循法律法规；调解可请求卫生行政部门介入，调解结果需双方自愿接受；诉讼前可鉴定医疗事故或医疗过错，举证责任和案由选择有规定，已达成和解或调解协议仍可提起诉讼。
