首先，由医患双方自行协商达成协议，没有特定的第三人参加。这种协商简单明了，但容易造成矛盾激化，特别在双方法律知识欠缺，协议书漏洞较多的情况下，往往达成协议后双方再起争端。
其次，卫生行政部门主持达成调解协议。这种办法由当事人一方或者双方向卫生行政机关提出申请，在行政机关的主持下，双方达成协议。从目前情况看，这种办法能及时平息事态，稳定双方的情绪。
再者，当争议进入诉讼程序后，可由人民法院主持双方调解达成协议。该协议一经送达立即生效，具有强制执行力，并不得上诉。它的好处是法律效力高，规范性强。但医患双方要经历较长的时间。
除上述三种法律规定的协商解决争议方式外，还有两种新型方式可以尝试，即人民调解委员会的调解和律师参与或见证下的调解：
一、人民调解委员会的调解是指双方当事人共同向调解委员会申请调解，由后者主持调解达成协议。这种调解程序规范，达成的协议如果没有法定撤销事由，就成为合法协议，并且不收取任何费用。但目前，调解委员会对调解医疗纠纷争议肯定缺乏经验，需大胆实践。
《人民调解委员会组织条例》规定，人民调解委员会是调解民间纠纷的群众性组织，它不但可以根据当事人的申请调解，也可以主动介入调解。按照最高人民法院的司法解释，人民调解委员会达成的协议具有合同的性质，双方当事人不得随意变更和解除，而且只要协议符合合同的订立原则，协议就是有效的，人民法院将予以确认。
二、律师参与或见证的医疗纠纷协议。这种办法是指在一方或者双方的律师参与的情况下，双方协商达成协议。其好处是能够制作较为规范的协议书，欠缺的是律师见证行为，不能使协议书具有很强的效力。
不管采取哪一种协商解决的办法，签订合法有效的协议是必不可少的。以下是一些注意事项：
首先，应严格奉行我国《合同法》的一般原则。签订过程最好经过公证程序。
其次，应做到“意思表示真实”。这就需要医患双方实事求是地对医疗行为进行认定，不妨先在协议书上各自列明观点，然后再写明双方一致认同的事实。
第三，由于纠纷争议发生后，双方多处于对峙状态。有些医院会认为达成的协议是受到患方的胁迫。其实并非如此，我国《民法》规定，只有在自己或自己的近亲属受到胁迫时，才属于胁迫。
第四，许多协议还规定“患者不得就此事以任何理由起诉”，是违反法律规定的做法。因为，当事人的起诉权是民事法规定的权利。所以，协议的内容不能违反法律规定和公共利益。否则，将导致纠纷协议无效。如果协议签订后，医方担心患方再次起诉，不妨约定“医患双方放弃基于该债权债务关系的一切诉讼权”，或约定“因该医疗纠纷引起的一切债权债务关系就此终了”。
协商解决医疗纠纷之前应该找个专业律师进行咨询下，看看怎么样对自己更有利。
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