保密协议的生效是指已经成立的保密协议具有法律约束力。保密协议是否生效取决于是否符合法律规定的有效条件。保密协议的生效意味着双方当事人享有协议中约定的权利和承担协议中约定的应当履行的义务。任何一方不得擅自变更和解除保密协议。一旦当事人一方不履行协议规定的义务，另一方当事人可寻求法律保护。
保密协议的当事人必须具有相应的民事权利能力和民事行为能力以及缔约能力，才能成为合格的协议主体。若主体不合格，保密协议不能产生法律效力。
保密协议的当事人意思表示真实，是指行为人的意思表示应当真实反映其内心的意思。保密协议成立后，当事人的意思表示是否真实往往难以从其外部判断，法律对此一般不主动干预。缺乏意思表示真实这一要件即意思表示不真实，并不绝对导致保密协议一律无效。
保密协议不违反法律和社会公共利益，主要包括两层含义：一是保密协议的内容合法，即协议条款中约定的权利、义务及其指向的对象即标的等，应符合法律的规定和社会公共利益的要求。二是保密协议的目的合法，即当事人缔约的原因合法，并且是直接的内心原因合法，不存在以合法的方式达到非法目的等规避法律的事实。
所谓形式要件，是指法律、行政法规对保密协议形式上的要求。形式要件通常不是保密协议生效的要件，但如果法律、行政法规规定将其作为保密协议生效的条件时，便成为保密协议生效的要件之一。不具备这些形式要件，保密协议不能生效。当然法律另有规定的除外。
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