本次《专利审查指南》第二部分实质审查的修改主要包括以下内容：
一、根据专利法及其实施细则的修改内容对《专利审查指南》第二部分进行了适应性修改。
二、对有关内容进行调整修改。
三、增加了涉及保密审查条款及遗传资源保护有关条款的审查。
下面就上述几点进行详细说明：
由于对专利法和专利法实施细则的有关条款进行了修改，因此《专利审查指南》在相应的章节进行了适应性的修改。
原专利法实施细则第二条第二款有关发明的定义现改为专利法第二条第二款；原专利法实施细则第二十条第一款有关权利要求书应当清楚、简要地限定要求专利保护的范围的内容现改为专利法第二十六条第四款；原专利法实施细则第二十一条第二款有关独立权利要求应当从整体上反映发明技术方案、记载解决技术问题的必要技术特征的内容现改为专利法实施细则第二十条第二款。
原专利法第五十六条第一款有关说明书和附图可以用于解释权利要求的内容现改为专利法第五十九条第一款；原专利法实施细则第十三条第二款有关两个以上的申请人同日分别就同样的发明创造申请专利的，应当在收到通知后自行协商确定申请人的内容现改为专利法实施细则第四十一条第一款；原专利法实施细则第十八条至第二十五条的内容相应改为专利法实施细则第十七条至第二十四条，原专利法实施细则第三十一条第一、二款有关不丧失新颖性的宽限期的内容现改为专利法第三十条第一、二款；原专利法实施细则第三十三条有关要求优先权的条件的内容现改为专利法实施细则第三十二条；原专利法实施细则第三十五条有关单一性特定技术特征的内容现改为专利法实施细则第三十四条。
由于这些条款没有发生实质性的变化，《专利审查指南》也仅是分别在相应章节的引用和旁注的法条方面进行了适应性的修改。
涉及专利法实施细则第四十三条第一款，其中由“分案申请不得超出原申请公开的范围”改为“分案申请不得超出原申请记载的范围”。对此，在《专利审查指南》第二部分第六章第3.3节引用该条款时进行了相应的修改，因为原条款所述的“公开的范围”应当理解为专利法第三十三条所述的“记载的范围”。
根据新专利法第九条第一款及专利法第四十一条第二款的规定，对于同样的发明创造的处理，《专利审查指南》在第二部分第二章第6节中进行了适应性的修改。
其中对两件专利申请的处理，同一申请人同日（指申请日，有优先权的指优先权日）就同样的发明创造提出两件专利申请，它们符合授予专利权的其他条件，应当分别通知申请人进行选择或者修改。
在根据专利法第九条第一款增加规定“禁止重复授权原则”的同时，在该条款中又规定了该原则的一种例外情况，即对于同一申请人同日（仅指申请日）对同样的发明创造既申请实用新型又申请发明专利的，在先获得的实用新型专利权尚未终止，并且申请人在申请时分别做出说明的，除通过修改发明专利申请外，还可以通过放弃实用新型专利权避免重复授权。
审查上述发明专利申请时，如果该申请符合授权的其他条件，应当通知申请人进行选择或者修改，申请人选择放弃实用新型专利权的，应当在答复审查意见通知书时附交放弃实用新型专利权的书面声明。
此时，对符合授权条件的发明专利申请应当发出授权通知书，并将放弃上述实用新型专利权的书面声明转至有关审查部门，由专利局予以登记和公告，公告上注明上述实用新型专利权自公告授予发明专利权之日起终止。
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