农村自建房用于经营，只要有营业执照，拆迁就有可能按照商铺赔偿。
《国有土地上房屋征收与补偿条例释义(十六至二十六条)》第二十三条关于“住改非”房屋补偿问题
所谓“住改非”房屋是指产权性质为住宅，但已依法取得营业执照成为经营性用房。其形成原因十分复杂，有部门之间缺乏协调，管理不到位造成的;也有在经济转型、体制转轨时期，为促进就业，鼓励下岗职工兴办的，多属于历史遗留问题。
“住改非”房屋，既有不合法的方面，又有合理的成分，处理时应当遵循“尊重历史，实事求是”的原则。《国务院办公厅关于认真做好城镇房屋拆迁工作维护社会稳定的紧急通知》(国办发明电[2003]42号)规定，“对拆迁范围内产权性质为住宅，但已依法取得营业执照经营性用房的补偿，各地可根据其经营情况、经营年限及纳税等实际情况给予适当补偿。”从各地情况看，对于符合上述规定且经营时间较长的，参照营业用房给予补偿的情况较多。
《国有土地上房屋征收与补偿条例释义(十六至二十六条)》第二十一条 被征收人可以选择货币补偿，也可以选择房屋产权调换。
被征收人选择房屋产权调换的，市、县级人民政府应当提供用于产权调换的房屋，并与被征收人计算、结清被征收房屋价值与用于产权调换房屋价值的差价。
因旧城区改建征收个人住宅，被征收人选择在改建地段进行房屋产权调换的，作出房屋征收决定的市、县级人民政府应当提供改建地段或者就近地段的房屋。
拆迁房的货币补偿标准，包括计算方式和各种补偿费用。补偿金额根据房屋区位、用途、建筑面积等因素确定，涉及房屋补偿费、周转补偿费和奖励性补偿费。同时，针对不同情况，如农村房屋拆迁补偿标准和房屋拆迁安置费计算标准等，也有详细的说明。
农村集体土地房屋拆迁的法律程序，包括国土局的报批手续、市县级人民政府的补偿安置方案、省级人民政府或国务院的土地审批手续、建设局的规划审批手续、发改委的项目立项以及环保局的环境影响评价报告书的出具等。同时，文章还提到了信息公开申请的调取困难以及拆迁过程
农村空心房的定义、政策规定及其整治面临的问题。国家为解决长期闲置的空心房占用土地资源的问题，出台了拆除政策，并鼓励农民有偿退出闲置房屋。各地的空心房退出拆除补偿标准不一。同时，文章还介绍了农村宅基地和房屋拆迁的补偿办法。
宅基地拆迁赔偿问题。咨询人持有建房证明但被告知宅基地属控建区域，需拆迁。回复指出，宅基地拆迁赔偿应按农用地补偿标准，每亩补偿39600元，并每平米额外补偿100元。文章还涉及农村房屋拆迁补偿范围和法律依据，包括征收程序和费用支付。
