根据有关法律法规的规定，当事人取得土地承包经营权证书的方式主要有颁发、补发和换发三种。
颁发的方式，是指县级以上地方人民政府应当向承包方颁发土地承包经营权证或者林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。其中，实行家庭承包经营的承包方，由县级以上地方人民政府颁发农村土地承包经营权证。实行其它方式承包经营的承包方，经依法登记，由县级以上地方人民政府颁发农村土地承包经营权证。县级以上地方人民政府农业行政主管部门负责农村土地承包经营权证的备案、登记、发放等具体工作。
实行家庭承包的，按下列程序颁发农村土地承包经营权证：
(1)土地承包合同生效后，发包方应在30个工作日内，将土地承包方案、承包方及承包土地的详细情况、土地承包合同等材料一式两份报乡(镇)人民政府农村经营管理部门（《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》第七条）。
(2)乡(镇)人民政府农村经营管理部门对发包方报送的材料予以初审。材料符合规定的，及时登记造册，由乡(镇)人民政府向县级以上地方人民政府提出颁发农村土地承包经营权证的书面申请;材料不符合规定的，应在规定期限内补正。
(3)县级以上地方人民政府农业行政主管部门对乡(镇)人民政府报送的申请材料予以审核。
申请材料符合规定的，编制农村土地承包经营权证登记簿，报同级人民政府颁发农村土地承包经营权证;申请材料不符合规定的，书面通知乡(镇)人民政府补正。 实行招标、拍卖、公开协商等方式承包农村土地的，按下列程序办理农村土地承包经营权证：
(1)土地承包合同生效后，承包方填写农村土地承包经营权证登记申请书，报承包土地所在乡(镇)人民政府农村经营管理部门。
(2)乡(镇)人民政府农村经营管理部门对发包方和承包方的资格、发包程序、承包期限、承包地用途等予以初审，并在农村土地承包经营权证登记申请书上签署初审意见。
(3)承包方持乡(镇)人民政府初审通过的农村土地承包经营权登记申请书，向县级以上地方人民政府申请农村土地承包经营权证登记。
(4)县级以上地方人民政府农业行政主管部门对登记申请予以审核。申请材料符合规定的，编制农村土地承包经营权证登记簿，报请同级人民政府颁发农村土地承包经营权证;申请材料不符合规定的，书面通知申请人补正。
乡(镇)人民政府农村经营管理部门领取农村土地承包经营权证后，应在30个工作日内将农村土地承包经营权证发给承包方。发包方不得为承包方保存农村土地承包经营权证（《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》第十三条）。
补发和换发方式是指农村土地承包经营权证严重污损、毁坏、遗失的，经承包方申请，原发证机关给予补发和换发农村土地承包经营权证。农村土地承包经营权证出现严重污损、毁坏、遗失等情形的，承包方应向乡(镇)人民政府农村经营管理部门申请换发、补发。经乡(镇)人民政府农村经营管理部门审核后，报请原发证机关办理换发、补发手续。原发证机关发放新的农村土地承包经营权证，并在农村土地承包经营权证上注明“换发”、“补发”字样。
原告郑某兴和被告耿某善在城口县同一乡村进行土地承包经营权互换引发的纠纷。最初双方为了退耕还林地连片而达成了口头互换协议。然而，被告后来反悔并阻止原告耕种互换后的土地。经过法院审理，确认了双方的土地承包经营权互换协议的有效性，并判决被告停止侵害。文章还
李某与聂某互换土地承包经营权的法律分析。根据合同法和农村土地承包法的规定，双方通过平等协商达成的互换协议有效，且互换土地耕种可视为交换土地承包经营权。虽然未经过村委会备案，但承包经营权流转未经备案不必然导致合同无效。
土地互换纠纷的判定问题，指出发生争议应按照法律进行协商解决，如协商不成可进行调解、仲裁或诉讼。同时，阐述了土地承包经营权的流转方式和合同要求，强调互换是我国土地承包经营权流转的一种合法方式。文章还讨论了互换土地行为的效力和承包期内的土地要回权。
土地互换后土地补偿款的归属问题。在双方完成互换登记或备案行为后，补偿款应归属于互换后的土地承包人。文章详细阐述了民事法律行为的条件和土地承包经营权的互换方式。此外，还介绍了互换的性质和效力以及土地补偿费用的分配原则。
