1、在列车上的犯罪，被告人在列车运行途中被抓获的，由前方停靠站所在地负责审判铁路运输刑事案件的人民法院管辖。必要时，也可以由始发站或者终点站所在地负责审判铁路运输刑事案件的人民法院管辖。
2、被告人不是在列车运行途中被抓获的，由负责该列车乘务的铁路公安机关对应的审判铁路运输刑事案件的人民法院管辖。
3、告人在列车运行途经车站被抓获的，也可以由该车站所在地负责审判铁路运输刑事案件的人民法院管辖。
4、法律依据：《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》第五条
(一)公检法三机关因案件定性的分歧而导致管辖冲突的解决办法。公安机关和人民检察院在立案之前，由于双方对案件的定性存在重大分歧，也可能导致管辖不明甚至管辖冲突。此类情况，两个机关首先应当协商解决。通过协商，仍然解决不了的，则应当由最先接到报案、举报、控告、自首等立案材料的机关立案侦查。经过侦查，依据查明的事实、证据、刑法和的有关规定，正确认定案件性质和作出妥当的处理。
(二)几种非数罪案件管辖冲突的解决办法。这又大体上可以分为两种情况：第一，想象竞合犯与牵连犯罪案件的管辖权属问题。案件应当由对重罪有管辖权的机关管辖，但法律有规定的除外。第二，吸收犯案件的管辖权属问题。确定此类案件的管辖权，也是要根据相应案件的实体处理原则。在实体上，对吸收犯案件的处理实行重行为吸收轻行为、主行为吸收从行为的原则，仅仅以吸收行为来定罪处罚。在程序上，一般也应当“吸收行为管辖原则”。
刑事案件管辖权的移送及其适用情形，包括下级人民法院向上级人民法院的移送和同级人民法院之间的移送。下级法院向上级法院移送主要包括可能判处无期徒刑、死刑及重大、复杂、新类型疑难案件等情形。同级法院间移送则涉及都有管辖权时的移送及向无管辖权的法院的移送，必
刑事案件到达法院后是否直接对嫌疑人收监的问题，以及刑事案件立案的条件和程序。在法院审理前，不会直接收监。立案需满足事实条件和社会危害性、刑罚应罚性的法律条件。公安机关、检察院和法院应接受报案、控告、举报和自首，并按管辖范围审查，决定是否立案。
第十一届全国人民代表大会第五次会议对《中华人民共和国刑事诉讼法》的修改
第十一届全国人民代表大会第五次会议对《中华人民共和国刑事诉讼法》的修改内容，主要包括刑事诉讼法的任务、保障犯罪嫌疑人、被告人的辩护权和其他诉讼权利、中级人民法院管辖的第一审刑事案件、回避规定、犯罪嫌疑人、被告人的委托辩护权及其保障措施、法律援助辩护的
指定管辖的情形和级别管辖的规定。在管辖权不明确或有管辖权的法院无法行使管辖权时，上级法院可指定管辖。级别管辖方面，上级法院可审理下级法院管辖的一审刑事案件，且下级法院可请求移送。中级人民法院有管辖权处理特定一审行政案件，如商标、专利、海关等案件。
