1、刑事案件中，两个以上同级法院有管辖权的，按以下情形处理：
(1)、由最初受理的人民法院审判。必要时，可以移送主要犯罪地的人民法院审判。
(2)、管辖权发生争议的，应当在审理期限内协商解决;协商不成的，由争议的人民法院分别层报共同的上级人民法院指定管辖。
2、法律依据：《最高人民法院关于适用《中华人民共和国刑事诉讼法》的解释》第十九条
1、管辖包含有职能管辖与审判管辖，两者之间的关系因公诉案件和自诉案件而有所不同。对于自诉案件，人民法院的职能管辖和审判管辖是重合的，都是审判权的具体落实。
2、对于公诉案件，则是侦查权、起诉权、审判权相互关系的直接反映，具体表现为：
（1）公安、检察机关的职能管辖和法院的审判管辖，依刑事诉讼活动的先后次序，发生于不同的诉讼阶段上，可以说，职能管辖是公安司法机关在受理案件上的第一次分工，审判管辖则是案件进入实质处理阶段后的第二次分工。
（2）职能管辖并不必然导致或引起审判管辖，因为有的案件经过侦查或审查起诉阶段即告终结，并不进入之后的审判程序，当然也就不产生审判管辖的问题。
（3）刑事诉讼关于划分人民法院的级别管辖、地域管辖以及专门管辖的原则和标准，同样应当适用于公安机关和检察机关，即公安、检察机关各自系统内部在立案侦查上的权限划分，既要与人民法院的级别管辖、地域管辖和专门管辖相互对应，又要不失灵活性，以适应侦查活动自身的特点。
刑事诉讼中的指定管辖权问题。当案件管辖不明或某法院不宜行使审判权时，上级法院可以指定下级法院审判或移送其他法院。分为两种情况：一是管辖不明导致互争或推诿时，应在规定审限内协商解决并报请上级法院指定管辖；二是当出现不宜行使审判权的情况时，上级法院应直接
指定管辖决定书的撰写方式及相关规定。内容包括上级人民法院指定管辖的方式和分类，以及相关的法律解释和规定。涉及刑事案件管辖权的确定、管辖权的改变、移送案件等情形，并详细说明了指定管辖决定书的具体内容和要求。
国家管辖权冲突的协调与避免纷争的问题。在管辖权发生冲突时，需要依据准据法来确定管辖，并符合受理、无管辖权和移送管辖三个条件。移送案件需满足不得随意移送的要求，移送后产生程序上的效力，由上级法院最终确定管辖权。
指定法院管辖的情况，包括特殊原因造成无管辖权法院时的指定管辖，以及管辖权发生争议时的处理。同时，讨论了起诉人申请上级法院指定管辖的必要性，以保护起诉人的实体权益和起诉权。此外，还指出必须经过听证程序审查管辖权异议的案件类型。
