1、刑事案件中，两个以上同级法院有管辖权的，按以下情形处理：
(1)、由最初受理的人民法院审判。必要时，可以移送主要犯罪地的人民法院审判。
(2)、管辖权发生争议的，应当在审理期限内协商解决;协商不成的，由争议的人民法院分别层报共同的上级人民法院指定管辖。
2、法律依据：《最高人民法院关于适用《中华人民共和国刑事诉讼法》的解释》第十九条
1、管辖包含有职能管辖与审判管辖，两者之间的关系因公诉案件和自诉案件而有所不同。对于自诉案件，人民法院的职能管辖和审判管辖是重合的，都是审判权的具体落实。
2、对于公诉案件，则是侦查权、起诉权、审判权相互关系的直接反映，具体表现为：
（1）公安、检察机关的职能管辖和法院的审判管辖，依刑事诉讼活动的先后次序，发生于不同的诉讼阶段上，可以说，职能管辖是公安司法机关在受理案件上的第一次分工，审判管辖则是案件进入实质处理阶段后的第二次分工。
（2）职能管辖并不必然导致或引起审判管辖，因为有的案件经过侦查或审查起诉阶段即告终结，并不进入之后的审判程序，当然也就不产生审判管辖的问题。
（3）刑事诉讼关于划分人民法院的级别管辖、地域管辖以及专门管辖的原则和标准，同样应当适用于公安机关和检察机关，即公安、检察机关各自系统内部在立案侦查上的权限划分，既要与人民法院的级别管辖、地域管辖和专门管辖相互对应，又要不失灵活性，以适应侦查活动自身的特点。
刑事案件管辖权的移送及其适用情形，包括下级人民法院向上级人民法院的移送和同级人民法院之间的移送。下级法院向上级法院移送主要包括可能判处无期徒刑、死刑及重大、复杂、新类型疑难案件等情形。同级法院间移送则涉及都有管辖权时的移送及向无管辖权的法院的移送，必
管辖权转移申请的时效问题。管辖权转移是对级别管辖的一种变通和补充，其申请时效取决于人民法院的办事效率。根据《民事诉讼法》相关规定，上级人民法院有权审理下级人民法院管辖的第一审民事案件，并可交下级法院审理，下级法院也可报请上级法院审理。因此，处理时间会
指定管辖的情形和级别管辖的规定。在管辖权不明确或有管辖权的法院无法行使管辖权时，上级法院可指定管辖。级别管辖方面，上级法院可审理下级法院管辖的一审刑事案件，且下级法院可请求移送。中级人民法院有管辖权处理特定一审行政案件，如商标、专利、海关等案件。
适用指定管辖的两种情况。第一种是有管辖权的人民法院因特殊原因无法行使管辖权时，应由上级人民法院指定其他适宜的人民法院管辖。第二种是当人民法院之间发生管辖权争议时，应由争议双方协商解决，协商不成时报请它们的共同上级人民法院指定管辖。同时，文章还介绍了指
