1、刑事案件中，两个以上同级法院有管辖权的，按以下情形处理：
(1)、由最初受理的人民法院审判。必要时，可以移送主要犯罪地的人民法院审判。
(2)、管辖权发生争议的，应当在审理期限内协商解决;协商不成的，由争议的人民法院分别层报共同的上级人民法院指定管辖。
2、法律依据：《最高人民法院关于适用《中华人民共和国刑事诉讼法》的解释》第十九条
1、管辖包含有职能管辖与审判管辖，两者之间的关系因公诉案件和自诉案件而有所不同。对于自诉案件，人民法院的职能管辖和审判管辖是重合的，都是审判权的具体落实。
2、对于公诉案件，则是侦查权、起诉权、审判权相互关系的直接反映，具体表现为：
（1）公安、检察机关的职能管辖和法院的审判管辖，依刑事诉讼活动的先后次序，发生于不同的诉讼阶段上，可以说，职能管辖是公安司法机关在受理案件上的第一次分工，审判管辖则是案件进入实质处理阶段后的第二次分工。
（2）职能管辖并不必然导致或引起审判管辖，因为有的案件经过侦查或审查起诉阶段即告终结，并不进入之后的审判程序，当然也就不产生审判管辖的问题。
（3）刑事诉讼关于划分人民法院的级别管辖、地域管辖以及专门管辖的原则和标准，同样应当适用于公安机关和检察机关，即公安、检察机关各自系统内部在立案侦查上的权限划分，既要与人民法院的级别管辖、地域管辖和专门管辖相互对应，又要不失灵活性，以适应侦查活动自身的特点。
被告人对上级指定管辖的案件能否提出异议的问题。新疆某工程建设有限责任公司起诉十四师水利建管处后，又提出管辖权异议，但被法院裁定驳回。文章详细阐述了管辖权异议和指定管辖的概念及相关规定，并分析了本案是否构成管辖权异议申请或指定管辖申请。最后，文章强调了
指定管辖的概念和实质。指定管辖是上级人民法院以裁定方式指定下级法院管辖特殊案件。其实质是适应审判实践需要，确保案件及时正确裁判。相关规定包括《民事诉讼法》中的特殊原因无法行使管辖权和因管辖权争议的情况。行政规定中，指定管辖是上级行政机关以决定方式指定
下级法院是否有权移送案件给上级法院管辖的问题。根据相关法律规定，如果下级法院发现自己无管辖权，可以将案件移送给有管辖权的人民法院，包括上级法院。移送管辖实质上是案件移交，不是管辖权移交，需满足一定条件，如已受理案件、受理法院无管辖权、接受移送法院有管
管辖权转移的次数问题，指出没有具体规定次数。文章介绍了《民事诉讼法》第三十八条的相关规定，即上级法院有权审理下级法院管辖的民事案件，并阐述了移送管辖的适用条件及“不得再自行移送”的含义，以确保移送案件的法院对接受移送的法院有约束力，避免法院间推诿或争
