1、对达成和解协议的案件，人民法院对被告人可以作出以下处理：
(一)人民法院应当对被告人从轻处罚;
(二)符合非监禁刑适用条件的，应当适用非监禁刑;
(三)判处法定最低刑仍然过重的，可以减轻处罚;
(四)综合全案认为犯罪情节轻微不需要判处刑罚的，可以免予刑事处罚。
2、法律依据：《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》 第五百九十六条
对达成和解协议的案件，人民法院应当对被告人从轻处罚;符合非监禁刑适用条件的，应当适用非监禁刑;判处法定最低刑仍然过重的，可以减轻处罚;综合全案认为犯罪情节轻微不需要判处刑罚的，可以免予刑事处罚。
共同犯罪案件，部分被告人与被害人达成和解协议的，可以依法对该部分被告人从宽处罚，但应当注意全案的量刑平衡。
如果是自诉案件，即是指不经过公安机关或者检察机关，由被害人或其法定代理人，向法院提起诉讼，由法院直接受理的，轻微的刑事案件。和解后原告撤回起诉，案件没有经过法院实体审判，不会被判刑，也就不会留有案底。
如果是公诉案件，对于达成和解协议的案件，公安机关可以向人民检察院，提出从宽处理的建议;人民检察院可以向人民法院，提出从宽处罚的建议。所以，刑事和解后也是需要判刑的，这样会留有案底。
而对于犯罪情节轻微，不需要判处刑罚，达成和解协议的案件，检察院可以作出不起诉的决定。那就不用经过法院的审判，自然也就不会被判刑，不会留有案底。
刑事案件和解的过程和不同阶段的具体处理方式。在刑事诉讼过程中，通过调停人或其他组织使被害人与犯罪嫌疑人直接沟通、共同协商，达成和解协议后，司法机关可对犯罪嫌疑人从轻减轻刑事责任。对于不同阶段的刑事案件，如侦查阶段、审查起诉阶段等，都有相应的和解后的处
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